文部科学省科学研究費補助金「新学術領域研究」平成23年度~27年度

動的・多要素な生体分子ネットワークを理解するための合成生物学の基盤構築(合成生物学)

  1. ホーム
  2. 研究業績

研究業績

講演・学会発表等

A01 計画研究 花井泰三班

  1. 岡駿佑,堀槙佑子,杉江よしみ,大塚北斗,饗場浩文:合成生物学の展開に向けた光応答性大腸菌の創成,第9回日本ゲノム微生物学会年会 (2015).
  2. 石田麻衣子,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母は亜鉛もしくは鉄枯渇下で有性生殖を引き起こす 理系女性研究者の活躍推進シンポジウム 「シーズ&ニーズ・マッチングフォーラムおよび女性研究者交流会」 (2015).
  3. 相馬悠希,鶴野圭悟,花井泰三:人工遺伝子回路による代謝流束制御を用いた大腸菌でのイソプロパノール生産,第21回 日本生物工学会九州支部熊本大会 (2014).
  4. 相馬悠希,鶴野圭悟,花井泰三:バイオプロセス効率化に向けた細胞内代謝制御のための人工遺伝子回路,「細胞を創る」研究会 7.0 (2014).
  5. Y Soma, K Tsuruno, T Hanai: Metabolic flux redirection for productivity improvement by metabolic toggle switch, iBio-T2014 (2014).
  6. 花井泰三:合成代謝経路と人工遺伝子回路による物質生産,合成生物シンポジウム (2014).
  7. Y Soma, K Tsuruno, T Hanai: Metabolic toggle switch for improvement of productivity in synthetic pathway, AOAIS2014 (2014).
  8. 花井泰三:代謝トグルスイッチによる物質生産向上の試み,第66回日本生物工学会大会 (2014).
  9. 山路大樹,相馬悠希,花井泰三:ピルビン酸と酢酸を効率的に利用するために改良した代謝トグルスイッチによるIPA生産性の向上,第66回日本生物工学会大会 (2014).
  10. 本庄宏,鶴野圭悟,花井泰三:遺伝子群を用いた新規3-ヒドロキシプロピオン酸生産合成代謝経路,第66回日本生物工学会大会 (2014).
  11. 花井 泰三:合成生物学の物質生産への利用,農芸化学会 (2014).
  12. 岡駿佑,堀槙佑子,杉江よしみ,大塚北斗,饗場浩文:合成生物学の展開に向けた光応答性大腸菌の構築,第37回日本分子生物学会年会 (2014).
  13. 高嶋智子,三輪由紀子,饗場浩文,村上浩士:Forkhead型転写因子Fkh2による細胞周期制御機構の解析,第37回日本分子生物学会年会 (2014).
  14. 島崎嵩史,大塚北斗,石田麻衣子,内藤知佳子,饗場浩文:分裂酵母における経時寿命延長因子 Ecl1ファミリータンパク質の解析,第37回日本分子生物学会年会 (2014).
  15. 石田麻衣子,大塚北斗,村上浩士,饗場浩文:新規な性分化シグナル・亜鉛枯渇におけるEcl1ファミリー遺伝子の機能解析,第37回日本分子生物学会年会 (2014).
  16. 岡駿佑,堀槙佑子,杉江よしみ,大塚北斗,饗場浩文:シアノバクテリア由来の2成分制御系を用いた光応答性大腸菌の構築,日本農芸化学会中部支部第171回例会 (2014). 「日本農芸化学会中部支部学術奨励賞受賞」
  17. 島崎嵩史,大塚北斗,石田麻衣子,内藤知佳子,饗場浩文:分裂酵母における経時寿命延長因子 Ecl1ファミリータンパク質の解析,日本農芸化学会中部支部第171回例会 (2014).
  18. 石田麻衣子,大塚北斗,村上浩士,饗場浩文:新規な性分化シグナル・亜鉛枯渇におけるEcl1ファミリー遺伝子の機能解析,酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会 (2014).
  19. 大塚北斗,島崎嵩史,石田麻衣子,内藤知佳子,饗場浩文:分裂酵母における経時寿命延長因子Ecl1ファミリータンパク質の解析,酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会 (2014).
  20. 石田麻衣子,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母はFe, Zn枯渇下で有性生殖を引き起こす 名古屋大学若手女性研究者サイエンスフォーラム (2014).
  21. Komori A, Maki Y, Ono I, Okamoto M. Investigating noise tolerance in an efficient engine for inferring biological regulatory networks, 5th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2014), Singapore, November, 2014.
  22. Yuki Soma, Keigo Tsuruno, Masaru Wada, Atsushi Yokota and Taizo Hanai: Metabolic flux redirection from a central metabolic pathway toward a synthetic pathway using a metabolic toggle switch, Annual Meeting & Exhibition Society for Industrial Microbiology and Biotechnology (2014).
  23. Y Soma, K Tsuruno, T Hanai: Productivity Improvement in Synthetic Pathway by Metabolic Toggle Switch, UCLA workshop on metabolomics and metabolic engineering (2014).
  24. 古森朝子,牧幸浩,小野功,岡本正宏:システム生物学研究のための大規模分子間相互作用ネットワーク推定手法の開発,平成25年度日本生化学会九州支部例会,佐賀,May,2013.
  25. Komori A, Maki Y, Ono I, Okamoto M. The Inferring Method of the large scale regulatory network for omics studies, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2013, Tower Hall Funabori, Tokyo, October, 2013.
  26. Komori A, Maki Y, Ono I, Okamoto M. How to infer the interactive large scale regulatory network in ‘omic’ studies, 4th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2013), Seoul, Korea, November, 2013.
  27. 相馬悠希,鶴野圭悟,花井泰三:環境に応答する人工遺伝子回路の構築,「細胞を創る」研究会 6.0 (2013).
  28. 相馬悠希,本村洋平,村上舞,安武俊介,鶴野圭悟,岡本正宏,花井泰三:工学的応用に向けた人工遺伝子回路の開発,生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー (2013).
  29. 島崎嵩史,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:H2O2ストレスに応答して経時寿命延長因子Ecl1は転写因子Atf1によって活性化される,第36回日本分子生物学会年会 (2013).
  30. 石田麻衣子,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母はFe, Znの枯渇で性分化を起こす,第36回日本分子生物学会年会 (2013).
  31. 石田麻衣子,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母はFe, Znの枯渇で性分化を起こす,日本農芸化学会中部支部第168回例会 (2013).
  32. 島崎嵩史,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:経時寿命延長因子Ecl1はH2O2ストレスに応答して転写因子Atf1により活性化される,日本農芸化学会中部支部第168回例会 (2013).
  33. 酒井枝里香,大塚北斗,小川真悟,川村英彰,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母の新規経時寿命延長因子oga1⁺の同定と解析,日本農芸化学会中部支部第168回例会 (2013).
  34. 島崎嵩史,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母における経時寿命延長因子 Ecl1の解析,酵母遺伝学フォーラム第46回研究報告会 (2013).
  35. 石田麻衣子,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母は微少金属Fe,Znの枯渇で性分化を起こす,酵母遺伝学フォーラム第46回研究報告会 (2013).
  36. 酒井枝里香,大塚北斗,小川真悟,川村英彰,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母の新規経時寿命延長因子oga1⁺の同定と解析,酵母遺伝学フォーラム第46回研究報告会 (2013).
  37. Yuki Soma, Yohei Motomura, Mai Murakami, Shunsuke Yasutake, Keigo Tsuruno, Masahiro Okamoto, Taizo Hanai: Mathematical modeling and theoretical analysis for the quantitative control of the target gene expression of synthetic genetic circuit, CBI (2013).
  38. Yuki Soma, Kentaro Inokuma, Tsutomu Tanaka, Akihiko Kondo, Chiaki Ogino, Taizo Hanai: Isopropanol production from cellobiose by E. coli, SIMB Annual Meeting (2013).
  39. T Hanai, Synthetic pathway for C3 or C4 alcohol production, Japan-UK meeting systems microbiology symposium (2013).
  40. 花井 泰三:イソプロパノール生産合成代謝経路による物質生産,細胞を創る会 (2013).
  41. 田附 常幸,鶴野 圭悟,花井 泰三:遺伝子組換え微生物を用いたイソプロパノール生産,化学工学会 (2013).
  42. H. Ito, T. Oshiro, H. Ohtsuka, H. Aiba: Pma1, a P-type proton ATPase, is a determinant of chronological lifespan in fission yeast, Nagoya Symposium Frontiers in Structural Physiology (2013).
  43. H. Ohtsuka, K. Azuma, H. Aiba: Identification of novel genes, ecl1+, ecl2+, and ecl3+, which extend chronological lifespan in fission yeast, Nagoya Symposium Frontiers in Structural Physiology (2013).
  44. K. Azuma, Ho. Ohtsuka, Y. Koga, C. Naito, H. Murakami, H. Aiba: Functional characterization of lifespan elongation factor Ecl1 in Saccharomyces cerevisiae, Nagoya Symposium Frontiers in Structural Physiology (2013).
  45. K. Takuma, H. Ohtsuka, K. Azuma, H. Murakami, H. Aiba: Php2 mutant extends the chronological lifespan of fission yeast, Nagoya Symposium Frontiers in Structural Physiology (2013).
  46. S. Ogawa, H. Ohtuka, E. Sakai, H. Kawamura, H. Murakami, H. Aiba: A novel gene SPBC16A3.08c which extends chronological lifespan in fission yeast functions downstream of TOR pathway, Nagoya Symposium Frontiers in Structural Physiology (2013).
  47. Y. Soma, Y. Motomura, M. Murakami, S. Yasutake, K. Tsuruno, M. Okamoto, T. Hanai: Experimental and theoretical analysis for the quantitative control of the target gene expression of genetic switch circuit, Frontiers in Systems and Synthetic Biology (2013).
  48. 岡田元弘,金田祥平,本村洋平,岡本正宏,藤井輝男,花井泰三: 大腸菌を用いた人工遺伝子回路による生体オシレーターの設計と開発,分子生物学会 (2012).
  49. 花井泰三:合成生物学の有用物質生産への応用,化学工学会秋季大会 (2012).
  50. 大塚北斗,琢磨和晃,東剣虹,村上浩士,饗場浩文:php2変異株は分裂酵母の経時寿命を延長させる,酵母遺伝学フォーラム第45回研究報告会 (2012).
  51. 島崎嵩史,大塚北斗,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母における経時寿命延長因子Ecl1の解析,日本農芸化学会中部支部第165回例会 (2012).
  52. 東剣虹,大塚北斗,古賀由梨枝,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母におけるRACK1ホモログCpc2についての研究,日本農芸化学会中部支部第165回例会 (2012).
  53. 琢磨和晃,大塚北斗,東剣虹,村上浩士,饗場浩文: 分裂酵母php2+が経時寿命に与える影響に関する研究,日本農芸化学会中部支部第165回例会 (2012).
  54. 小川真悟,大塚北斗,酒井枝里香,川村英彰,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母の新規経時寿命延長因子に関する研究,日本農芸化学会中部支部第165回例会 (2012).
  55. 東剣虹,大塚北斗,古賀由梨枝,内藤知佳子,村上浩士,饗場浩文:ロイシンは分裂酵母のCpc2欠損における胞子形成欠陥を相補する,第35回日本分子生物学会年会 (2012).
  56. 琢磨和晃,大塚北斗,東剣虹,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母Php2の変異によって経時寿命が長くなる,第35回日本分子生物学会年会 (2012).
  57. 小川真悟,大塚北斗,酒井枝里香,川村英彰,村上浩士,饗場浩文:分裂酵母の新規経時寿命延長遺伝子SPBC16A3.08cはTOR経路の下流で働く,第35回日本分子生物学会年会 (2012).
  58. 饗場浩文:分裂酵母を用いた経時寿命延長因子の解析,日本農芸化学会2012年度大会シンポジウム「健康と長寿に貢献する酵母研究」 (2012).
  59. 饗場浩文:健康長寿社会をめざす酵母を用いた寿命研究の試み,日本薬学会東海支部特別講演会 (2012).
  60. 花井泰三:細胞応答制御のための人工遺伝子回路の開発,生物工学会 (2011).

A01 計画研究 田川陽一班

  1. 田川陽一、玉井美保、藤山陽一:最小哺乳類in vitroモデルの構築と応用-ES/iPS細胞を用いた試み-、第14回分子予防環境医学研究会、大阪(大阪市立大学)2015年(特別講演)
  2. 玉井美保、藤山陽一、田川陽一:マウスES/iPS細胞由来 in vitro 肝組織モデルの肝細胞極性、第9回「長野ミーティング:生物資源の有効利用を目指して」、長野(ラフォーレ倶楽部白馬八方)2015年(口頭)
  3. 田川陽一、玉井美保、守矢恒司、藤山陽一:人工哺乳類システム 、第9回「長野ミーティング:生物資源の有効利用を目指して」、長野(ラフォーレ倶楽部白馬八方)2015年(口頭)
  4. 守矢恒司、玉井美保、豊田優、小松銀河、田川陽一:アセトアミノフェン誘導肝障害in vivoモデルにおける概日リズムの影響、第9回「長野ミーティング:生物資源の有効利用を目指して」、長野(ラフォーレ倶楽部白馬八方)2015年(口頭)
  5. 田川陽一、玉井美保、藤山陽一: 再生医科学研究オーバービュー –ES細胞から分化細胞、組織、そして、生命システム シンポジウム「細胞を創る」研究会7.0,東京、2014年(シンポジウム)
  6. 田川陽一:B型肝炎感染・増殖in vitroシステム、 イノベーションジャパン2014,東京(ビックサイト)、2014年(ポスター)
  7. 田川陽一:ES細胞からin vitro 器官形成モデル、そして、最小ほ乳類in vitro生命システム、日本組織培養学会第87回大会、東京(星陵会館)2014年(シンポジウム)
  8. 玉井美保、藤山陽一、田川陽一:In vitro liver model derived from murine ES/iPS cells for animal use alternative:動物実験代替を目指した in vitro 肝組織モデル、日本組織培養学会第87回大会、東京(星陵会館)、2014年(口頭&ポスター)
  9. 崎 宏悟, 田川 陽一:A xeno-free slow-freezing cryopreservation medium for primate ES/iPS cells 霊長類ES/iPS細胞用緩慢法凍結保存液の開発、日本組織培養学会第87回大会、東京(星陵会館)、2014年(ポスター)
  10. 玉井美保、酒井宏司、宮川眞一、田川陽一:マウス門脈結紮による肝再生モデルにおけるIL-6依存性、第79回日本インターフェロン・サイトカイン学会、北海道(北海道大学)2014年(ポスター)
  11. 守矢 恒司、玉井美保、豊田 優、田川 陽一:アセトアミノフェン誘導肝障害のin vivoおよびin vitroモデルによる解析、第79回日本インターフェロン・サイトカイン学会、北海道(北海道大学)2014年(ポスター)
  12. 苅谷智行、玉井美保、相川博明、田川陽一:ES細胞およびTS細胞を用いたマウス胚盤胞in vitroモデルにおけるTLR応答、第79回日本インターフェロン・サイトカイン学会、北海道(北海道大学)2014年(ポスター)
  13. 玉井美保、田川陽一:マウスES/iPS細胞由来in vitro 肝組織モデルにおける肝代謝能、第21回肝細胞研究会、東京(東京医科歯科大学)、2014年(ポスター)
  14. 守矢 恒司、玉井美保、豊田 優、田川 陽一:概日リズムを考慮したアセトアミノフェン誘導肝障害in vivoモデルにおける急性期タンパク質による保護作用、第21回肝細胞研究会、東京(東京医科歯科大)、2014年(ポスター)
  15. 田川陽一、玉井美保、藤山陽一:最小哺乳類in vitroシステムの戦略と応用、第66回日本生物工学会大会 シンポジウム(試験管から個体までの人工生命体研究の現状と将来)、北海道(札幌コンベンションセンター)、2014年(シンポジウム)
  16. 玉井美保、藤山陽一、田川陽一:流体デバイスを用いたマウスES細胞由来in vitro 肝組織モデル 、第66回日本生物工学会大会、北海道(札幌コンベンションセンター)、2014年(ポスター)
  17. 竹下裕治、張本乾一、玉井美保、南隆之、荻博次、長岡紀幸、松川昭博、吉田靖弘、田川 陽一:QCM-Dによる様々な細胞種の接着と伸展の観察、第66回日本生物工学会大会、北海道(札幌コンベンションセンター)2014年(ポスター)
  18. Yoh-ichi TAGAWA, Miho Tamai, Sungho Ahn, Kenji Nakashima, Masahiko Ito, and Tetsuro Suzuki:Human iPS cell-derived in vitro model for Hepatitis B virus infection and proliferation、2014 World Stem Cell Summit、San Antonio(Marriott Rivercenter)2014年(poster)
  19. Miho TAMAI, Yoichi Fujiyama, Yoh-ichi TAGAWA :High- and multi-functional in vitro liver model derived from mouse ES/iPS cells on micro-fluidic device、2014 World Stem Cell Summit、San Antonio(Marriott Rivercenter)2014年(poster)
  20. Yoh-ichi Tagawa, Miho Tamai, Yoichi Fujiyama: Mouse ES cell-derived in vitro heart, liver, and pancreas model on microfluidic device, International Society for Stem Cell Research 11th Annual Meeting (2013)
  21. Miho Tamai, Hiroshi Sakai, Shinichi Miyagawa, Eijiro Adachi, Yoh-ichi Tagawa:Characterization of Liver Organoid Tissues Composed of Murine Hepatic Progenitor Cells and Fibroblasts in Dense Collagen Fibrils, International Society for Stem Cell Research 11th Annual Meeting (2013)
  22. Yoh-ichi Tagawa and Miho Tama: Super-functional and high responsive in vitro liver model derived from mouse ES cells and its application to a liver chip, The Asian Pacific Association for the Study of the Liver (2013)
  23. Sungho Ahn and Yoh-ichi Tagawa: High Functional in vitro liver model consisting of human ES / iPS cell-derived hepatic linage cells and endothelial networks, The Asian Pacific Association for the Study of the Liver (2013)
  24. Y. Tagawa: Super-functional and high responsive in vitro liver model from mouse ES/iPS cells (2013).
  25. Y. Tagawa: Developmental Engineering, Regenerative Medicine Technology, and Synthetic Biology (2013).
  26. 田川陽一: ES/iPS細胞の凍結保存液の開発と肝組織分化誘導, 国立成育医療研究センター (2012).
  27. 田川陽一: ES/iPS細胞の凍結保存液の開発と肝組織分化誘導, ゲノム未来会議2.0 (2012).
  28. 玉井美保, 田川陽一: マウス胚性幹/人工万能性幹細胞のin vitro肝組織構築とその過程におけるミトコンドリア能力の獲得, 第85回日本生化学会大会 (2012).
  29. 守矢恒司, 豊田優, 田川陽一: アセトアミノフェン誘導肝障害のin vivoおよびin vitroモデルによる解析, 第85回日本生化学会大会 (2012).
  30. 内沢秀光, 白川和浩, 齋藤ゆかり, NILUBOL Chonnipa, 玉井美保, 田川陽一: シジミ由来オルニチン含有トリペプチドβ-Ala-Orn-Ornの肝保護効果, 日本生化学会大会 (2012).
  31. 田川陽一: 肝細胞・組織培養工学の新しいプラットフォーム-Body-On-Chipsの試みとその応用, スフェロイド分科会セミナー (2012).
  32. 田川陽一: マウスES/iPS細胞を用いたin vitro肝臓モデル, 慶應義塾大学先端研究セミナー (2012).
  33. 内沢秀光, 白川和浩, 齋藤ゆかり, NILUBOL Chonnipa, 玉井美保, 田川陽一: シジミ由来トリペプチドβ-Ala-Orn-Ornの肝保護効果及びGABA-Orn-Ornの存在, 日本食品科学工学会東北支部大会 (2012).
  34. 今松伸介, 安成晧, 馬場憲三, 岡崎宏悟, 田川陽一: 操作を簡便化したマウスES細胞, 霊長類ES細胞凍結保存液の開発, 日本組織培養学会第85回大会 (2012).
  35. 玉井美保, 田川陽一: マウス胚性幹/人工万能性幹細胞のin vitro肝組織構築とその過程におけるミトコンドリア能力の獲得, 第11回日本再生医療学会総会 (2012).
  36. 商怡, 玉井美保, 楊軍, 田川陽一: 天然多糖類の三次元の細胞足場を用いた肝前駆細胞分化誘導, 第11回日本再生医療学会総会 (2012).
  37. 安成晧, 田川陽一: ヒトES/iPS細胞由来in vitro肝臓モデルを用いた肝機能解析, 第11回日本再生医療学会総会 (2012).
  38. Yu Yue, 玉井美保, 田川陽一: マウス部分肝切除モデルにおけるアミノ酸の再生促進効果, 第11回日本再生医療学会総会 (2012).
  39. Chonnipa Nilubol, 玉井美保, 齊藤ゆかり, 内沢秀光, 田川陽一: シジミ由来非タンパク質構成アミノ酸からなるトリペプチドのin vitro肝組織やマウス個体における肝保護効果, 第11回日本再生医療学会総会 (2012).
  40. 相川博明, 田川陽一: マウス胚盤胞における自然免疫応答研究のためのin vitro評価系の確立, 第77回日本インターフェロン・サイトカイン学会学術集会 (2012).
  41. 玉井美保, 田川陽一: マウス胚性幹/人工万能性幹細胞由来in vitro 肝組織構築における細胞極性とミトコンドリア能力の獲得, 第19回肝細胞研究会 (2012).
  42. Yu Yue, 玉井美保, 田川陽一: 肝障害と肝再生における一酸化窒素の役割, 第19回肝細胞研究会 (2012).
  43. M. TAMAI, Y. TAGAWA: In vitro recapitulation of the hepatic metabolism using in vitro liver model from murine ES/iPS cells, 3nd World Congress of the Tissue Engineering and Regenerative Medicine International Society (TERMIS) (2012).
  44. K. Harimoto, Y. Yoshida, K. Yoshihara, N. Nagaoka, Bart Van MEERBEEK, Y. TAGAWA: Osteoblasts defeat fibroblasts on titanium surface during osteointegration steps, 3nd World Congress of the Tissue Engineering and Regenerative Medicine International Society (TERMIS) (2012).
  45. 今松伸介, 安成晧, 馬場憲三, 岡崎宏悟, 田川陽一: 霊長類ES/iPS細胞用緩慢法凍結保存液の開発, 日本生物工学会第64回大会 (2012).
  46. 玉井美保, 田川陽一: マウスES/iPS細胞を用いたin vitro肝モデルにおける細胞極性の構築, 「細胞を創る」研究会 5.0 (2012).
  47. 相川博明, 田川陽一: 栄養外胚葉幹細胞株の樹立と胚盤胞のin vitroモデル構築の試み, 「細胞を創る」研究会5.0 (2012).
  48. 安成晧, 三田村圭祐, 安達栄治郎, 田川陽一, ヒトES/iPS 細胞を用いたin vitroヒト肝組織モデルの構築, 第34回日本分子生物学会年会 (2011).
  49. Je-young Ryu, Y. Tagawa: Clonality of pancreatic acini and ducts in chimeric mice, 第34回日本分子生物学会年会 (2011).
  50. 守矢恒司, 豊田優, 田川陽一: マウス個体を用いたアセトアミノフェン誘導肝障害モデル構築の試み: 概日リズムと肝毒性との相関性, 第34回日本分子生物学会年会 (2011).
  51. 張本乾一, 長岡紀幸, 鈴木一臣, 吉田靖弘, 田川陽一: オッセオインテグレーションにおける線維芽細胞の影響, 第33回日本バイオマテリアル学会大会 (2011).
  52. Y. Tagawa: In vitro model of liver organogenesis using embryonic stem cells, Taiwanese Society of Molecular Medicine (2011).
  53. 田川陽一, 安成晧, 玉井美保: 合成生物学による肝組織モデルの構築を目指して, 第63回日本生物工学会大会 (2011).
  54. Y. Toyoda, K. Moriya, S. Kobayashi, M. Tamai, E. Adachi, Y. Tagawa: Acetaminophen-induced hepatotoxicity in liver tissue-like structure consisting of primary hepatocytes assembling around endothelial cell network, 第84回日本生化学会大会 (2011).

A01 計画研究 柘植謙爾班

  1. 柘植謙爾:ゲノムデザインにおける合成生物学の現状 JBA合成生物学セミナー (2015)
  2. 柘植謙爾:人工オペロンによるボトムアップ型ゲノムデザイン戦略、産業技術総合研究所生物プロセス部門若手WGセミナー (2014)
  3. 柘植謙爾 :OGAB法を用いたボトムアップ型ゲノムデザイン戦略, 合成生物シンポジウム (2014)
  4. Tsuge K, Togashi T, Hasebe M, Tomita M, and Itaya M: Design and Construction of an Artificial Nonmevalonate Operon of Escherichia coli. Metabolic Engineering X(2014)
  5. Tsuge K: An attempt to construct an artificial operon for nonmevalonate pathway. The 13 th Asian Conference on Transcription (2014)
  6. 柘植謙爾、富樫貴、長谷部雅子、冨田勝、板谷光泰: 大腸菌非メバロン酸経路の人工オペロン化、 日本農芸化学会2014年大会 (2014)
  7. 柘植謙爾、富樫貴、長谷部雅子、冨田勝、板谷光泰:大腸菌一次代謝経路遺伝子群の人工オペロン化 第37回日本分子生物学会 (2014)
  8. 吉積毅、冨田勝、板谷光泰、柘植謙爾:人工オペロン設計による植物特異的色素・アントシアニンン合成の試み 第37回日本分子生物学会 (2014)
  9. 柘植謙爾、富樫貴、長谷部雅子、冨田勝、板谷光泰:一次代謝経路遺伝子群の人工オペロン化 2014年グラム陽性菌ゲノム機能会議 (2014)
  10. 吉積毅、冨田勝、板谷光泰、柘植謙爾: 植物特異的色素・アントシアニン合成経路の移植をモデルとした人工オペロン設計手法確立の試み 2014年グラム陽性菌ゲノム機能会議 (2014)
  11. Tsuge, K : Designing of metabolic pathway by operon strategy, For Innovative Biorefinery in Beijing 2013 (2013)
  12. Tsuge, K : Construction of metabolic pathways that are comprised of multi-genes by operon strategy CBI学会(2013)
  13. 柘植謙爾、富樫貴、長谷部雅子、冨田勝、板谷光泰:人工非メバロン酸経路オペロン構築の試み 第36回日本分子生物学会 (2013)
  14. 吉積毅、冨田勝、板谷光泰、柘植謙爾:人工オペロン設計手法の確立を目指して~植物特異的色素・アントシアニン合成経路の移植~ 第36回日本分子生物学会 (2013)
  15. 柘植謙爾、富樫貴、長谷部雅子、冨田勝、板谷光泰:一次代謝経路の人工オペロンの構築「細胞を創る」研究会6.0 (2013年11月、山形県鶴岡市)
  16. 吉積毅、冨田勝、板谷光泰、柘植謙爾:アントシアニン合成人工オペロン設計に向けた網羅的酵素反応「細胞を創る」研究会6.0 (2013)
  17. 吉積毅、冨田勝、板谷光泰、柘植謙爾:Toward the establishment of design rule for artificial operons; transplanting plant specific pigment anthocyanin biosynthetic pathway as a model CBI学会 (2013)
  18. 柘植謙爾、富樫貴、長谷部雅子、冨田勝、板谷光泰: 枯草菌ゲノム工学:OGAB法による人工オペロンの構築 2013年グラム陽性菌ゲノム機能会議 (2013)
  19. 吉積毅、冨田勝、板谷光泰、柘植謙爾:人工オペロン設計手法の確立を目指して~植物特異的色素・アントシアニン合成経路の移植~ 2013年 グラム陽性菌ゲノム機能会議 (2013)
  20. K. Tsuge, K. Nakahigashi, T. Togashi, M. Hasebe, Y. Takai, M. Hasegawa, Y. Igarashi, N. Sugiyama, N. Sato, Y. Hirayama, Y. Ishihama, T. Soga, M. Tomita, M. Itaya: Investigation of an artificial glycolytic operon toward bottom-up designing of a genome, UK-Japan Systems Biology workshop in Kyoto 2013 (2013).
  21. Hiroe, K. Tsuge, C.T. Nomura, M. Itaya, T. Tsuge: Rearrangement of gene order in the phaCAB operon leads to effective production of ultrahigh-molecular-weight poly[(R)-3-hydroxybutyrate] in genetically engineered Escherichia coli, Appl. Environ. Microbiol, 78, 3177-3184 (2012).
  22. K. Tsuge: Gnome construction technology and genome design, 14th A-IMBN Annual Conference: Life Science and Frontiers of Biorefinery Technology (2012).
  23. K. Tsuge: Construction of metabolic pathway by artificial operon, The 5th International Conference on Industrial Bioprocesses (IFIB-2012) (2012).
  24. 柘植謙爾: オペロン戦略による代謝経路の構築, 第44回日本化学工学会秋季大会 (2012).
  25. 柘植謙爾: 人工オペロンによるボトムアップ型ゲノムデザイン, 第3回新規材料創製を目指した合成生物学シンポジウム (2012).
  26. 柘植謙爾, 中東憲治, 富樫貴, 長谷部雅子, 高井幸, 長谷川美紀, 五十嵐康行, 杉山直幸, 石濱泰, 冨田勝, 板谷光泰: ゲノムデザイン学: 人工解糖系オペロンの転写・翻訳解析, 日本農芸化学会大会2012 大会 (2012).
  27. K. Tsuge: Metabolic pathway designing by operon strategy, Japan-Finland Biotechnology Symposium 2012 (2012).
  28. K. Tsuge, M. Itaya: Investigation of design rule for artificial operon toward whole genome design, 15th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2012) (2012).
  29. 柘植謙爾, 板谷光泰: ボトムアップ型戦略によるバクテリアゲノムのデザイン, 革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム (2012).
  30. 柘植謙爾: 合成生物学の手法による多要素からなる生物システムの再構築, 第85回日本生化学会大会 (2012).
  31. K. Tsuge, K. Nakahigashi, T. Togashi, M. Hasebe, Y. Takai, M. Hasegawa, Y. Igarashi, N. Sugiyama, Y. Ishihama, M. Tomita, M. Itaya: Construction of glycolytic pathway by artificial operon toward genome design, The 12th Asian Conference on Transcription (ACT2012) (2012).
  32. 柘植謙爾, 中東憲治, 富樫貴, 長谷部雅子, 高井幸, 長谷川美紀, 五十嵐康行, 杉山直幸, 佐藤尚美, 平山由明, 石濱泰, 曽我朋義, 冨田勝, 板谷光泰: 人工オペロン構築を目指したオペロン内遺伝子発現バイアスの解析, 2012年度グラム陽性菌ゲノム機能会議 (2012).
  33. K. Tsuge, K. Nakahigashi, T. Togashi, M. Hasebe, Y. Takai, M. Hasegawa, Y. Igarashi, N. Sugiyama, N. Sato, Y. Hirayama, Y. Ishihama, T. Soga, M. Tomita, M. Itaya: Investigation of artificial glycolytic operon toward elucidation of operon rule, The 4th Foundations of Systems Biology in Engineering (FOSBE2012) (2012).
  34. 柘植謙爾, 中東憲治, 富樫貴, 長谷部雅子, 高井幸, 長谷川美紀, 五十嵐康行, 杉山直幸, 佐藤尚美, 平山由明, 石濱泰, 曽我朋義, 冨田勝, 板谷光泰: Investigation of arrangement problem of artificial operons in designed genome, 第35回日本分子生物学会年会 (2012).
  35. T. Yoshizumi, K. Ikeda, T. Soga, M. Tomita, M. Itaya, K. Tsuge: Toward production of a plant pigment, anthocyainin in E. coli with synthetic biological approach, 第35回日本分子生物学会年会 (2012).

A01 公募研究 鈴木石根班

  1. 鈴木石根, 朽津和幸: 進化的視点からシグナル伝達を考える−シアノバクテリアから高等植物まで, 第54回日本植物生理学会年会 (2013).

A01 公募研究 朝井計班

  1. 朝井計, 古園さおり, 吉川博文: ゲノム改造によるバクテリアのRNA ポリメラーゼの多様性と互換性の解析, 日本農芸化学会2014年度大会 (2014).
  2. 朝井計, 市島睦生: 枯草菌シグマ因子SigIの定常期における機能解析, 第85回日本遺伝学会 (2013).
  3. 朝井計, 市島睦生, 関口順一: 枯草菌SigI による定常期における細胞維持機構の解析, 日本農芸化学会2013年度大会 (2013).
  4. 朝井計, 三輪明穂, 松本貴嗣, 吉川博文: 細菌のシグマ因子の多様性の意義解明への遺伝学的アプローチ, 第84回日本遺伝学会 (2012).

A01 公募研究 古田芳一班

  1. 古田芳一、小林一三:Methylome diversification through changes in the sequence specificity of DNA methyltransferases、第87回日本細菌学会総会、P2-171、東京、2014年3月28日、ポスター発表
  2. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三:PacBio RSを用いたピロリ菌メチロームの種内比較解析、第8回日本ゲノム微生物学会年会、1P-019、東京、2014年3月8日、ポスター発表
  3. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三:DNAメチル化系の認識配列変換によるメチローム多様化:種内複数株でのメチローム解読からの証拠、日本進化学会第15回大会 (2014)
  4. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三:DNAメチル化系の認識配列変換によるメチローム多様化:種内複数株でのメチローム解読からの証拠、第36回日本分子生物学会年会、3P-0034、兵庫、2013年12月5日、ポスター発表
  5. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三:一分子リアルタイム(SMRT)シークエンシングによるメチローム解読と「エピジェネティクス駆動進化」仮説、日本遺伝学会第85回大会、WS9-1、神奈川、2013年9月21日、口頭発表
  6. 古田芳一, 小林一三: DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動, 第86回日本細菌学会総会 (2013).
  7. 古田芳一, 小林一三: DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動, 第7回日本ゲノム微生物学会年会 (2013).
  8. 古田芳一, 小林一三: DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動, 第35回日本分子生物学会年会 (2012).
  9. 古田芳一, 小林一三: ピロリ菌CagA発がんタンパクのDNA組換えによる進化, 第18回日本ヘリコバクター学会学術集会 (2012).
  10. Y. Furuta, I. Kobayashi: Epigenome evolution-Two mechanisms in alteration of DNA sequence recognition domains in restriction-modification systems. Bacteria, Archaea & Phages, CSHL meeting (2012).

A01 公募研究 納富拓也班

  1. T. Notomi, I. Karasaki, Y. Okazaki, N. Okimoto, Y. Kato, K. Ohura, M. Noda, T. Nakamura, M. Suzuki, Insulinogenic sucrose+amino acids mixture ingestion immediately after resistance exercise has an anabolic effect on bone compared with non-insulinogenic fructose+amino acids mixture in growing rats, ASBMR 2014 Houston, Texas, USA, 2014
  2. Y. Ezura, T. Hayata, T. Notomi, I. Sekiya, M. Noda, Preferentially expressed genes in synovium derived stromal cells include atypical genes not expressed highly in mouse synovium but in embryonic cartilages, ASBMR 2014 Houston, Texas, USA, 2014
  3. 納富拓也、江面陽一、野田政樹、破骨細胞分化段階における細胞内Ca2+動態とイオンチャネルの役割、次世代の会シンポジウム2、第87回日本薬理学会年会、宮城、2014
  4. 納富拓也、大浦清、野田政樹、レジスタンス運動直後のインスリン高刺激性糖摂取は、インスリン低刺激性糖摂取に比べて骨量・骨強度を増大させる、第56回 歯科基礎医学会、福岡、2014
  5. 天野均、納富拓也、大浦清、スフィンゴシン1リン酸はin vitroの破骨細胞形成系において分化促進する、第56回 歯科基礎医学会、福岡、2014
  6. 納富拓也、唐崎郁晃、岡崎雄一、沖本信和、加藤雄士、大浦清、野田政樹、中村利孝、鈴木正成、レジスタンス運動直後のインスリン高刺激性糖(砂糖)+アミノ酸溶液摂取は、インスリン低刺激性糖(果糖)+アミノ酸溶液摂取に比べて骨量・骨強度を増大させる、第32回 日本骨代謝学会、大阪、2014
  7. 川崎真希理、早田匡芳、中元哲也、納富拓也、江面陽一、野田政樹、培養軟骨細胞ATDC5において、TGF-beta1は一次繊毛構成遺伝子Ift88の発現を抑制し、一次繊毛を短縮させる、第32回 日本骨代謝学会、大阪、2014
  8. T. Notomi, M. Kuno, Y. Ezura, M. Noda, Depolarizing Membrane Potential by PTH and VD3 Regulates RANKL-intracellular Transportation; A Novel Mechanism of PTH- and VD3-induced Osteoclastogenesis, ASBMR 2013, Baltimore, Maryland, USA, 2013
  9. Y. Ezura, T. Hayata, T. Notomi, I. Sekiya, M. Noda, Genes significantly highly expressed in synovium derived stromal cells than in bone marrow derived cells are conserved both in mouse and human, and may contribute to higher potential for chondrogenic differentiation, ASBMR 2013, Baltimore, Maryland, USA, 2013
  10. J. Shirakawa, Y. Ezura, M. Kawasaki, T. Yamada, S. Moriya, T. Notomi, T. Hayata, K. Omura, M. Noda, PTH Additively Enhances The Mechanical Stress-induced Proliferation of Calvarial Osteoblasts, ASBMR 2013, Baltimore, Maryland, USA, 2013
  11. M. Kawasaki, T. Nakamoto, T. Notomi, T. Hayata, Y. Ezura, M. Noda, TGF-β1 inhibits maturation of chondrogenic cell line ATDC5 by impeding canonical hedgehog signaling through direct down-regulation of ciliary component gene Ift88, ASBMR 2013, Baltimore, Maryland, USA, 2013
  12. S. Moriya, T. Hayata, J. Shirakawa, M. Kawasaki, T. Notomi, Y. Ezura, K. Kaneko, M. Noda, Tob1, a BMP repressor, is activated by parathyroid hormone in osteoblasts in vitro and in vivo and reciprocally regulates PTH signaling, ASBMR 2013, Baltimore, Maryland, USA, 2013
  13. T. Yamada, T. Hayata, T. Notomi, Y. Ezura, K. Harada, M. Noda, β2Adrenergic Receptor agonist suppresses BMP-induced osteoblastic differentiation in MC3T3E-1 cells while epinephrine modulates it differently, ASBMR 2013, Baltimore, Maryland, USA, 2013
  14. 江面陽一、近藤久貴、長尾雅史、Smriti Aryal、鈴木允文、早田匡芳、納富拓也、野田政樹、メカニカルストレスに応じた骨代謝制御に関わる分子機構の解明、第36回 分子生物学会、神戸、2013
  15. 江面陽一、早田匡芳、中元哲也、納富拓也、関谷一郎、宗田大、野田政樹、滑膜・半月板および靭帯由来間葉系幹細胞における選択的発現遺伝子の同定、第31回 日本骨代謝学会、神戸、2013
  16. 渡辺千穂、森田斉弘、江面陽一、中元哲也、早田匡芳、菊池千智、李雪、納富拓也、山本雅、野田政樹、森山啓司、Cnot3はRANKmRNAの安定性制御を介し骨量維持を行う、第11回 日本歯科骨粗鬆症研究会学術大会、東京、2013
  17. 納富拓也、イオンチャネルと骨代謝機構、大学院特別講義、産業医科大学、北九州、2013
  18. T. Notomi, Y. Ezura, M. Noda: Lysosomal Calcium Channel, TPC2, Regulates Osteoclastogenesis via Generation of Intracellular Ca2+ Response and Subsequent NFATc1 Localization: A Novel Mechanism of Osteoclastic Ca2+ Signaling, ASBMR 2012 (2012).
  19. S. Moriya, T. Hayata, J. Shirakawa, T. Nakamoto, T. Notomi, Y. Ezura, K. Kaneko, M. Noda: Parathyroid Hormone Stimulates Tob1 Expression in Osteoblastic Cells in vitro and in vivo, ASBMR 2012 (2012).
  20. S. Jumpei, Y. Ezura, T. Notomi, T. Hayata, T. Nakamoto, S. Moriya, K. Omura, M. Noda: PTH Enhances Mechanical Stress-induced Osteoblast Proliferation in Calvarial Derived Osteoblasts via Up-regulation of CyclinD1 Expression, ASBMR 2012 (2012).
  21. C. Watanabe, M. Morita, Y. Ezura, T. Nakamoto, T. Hayata, T. Notomi, K. Moriyama, T. Yamamoto, M. Noda: Cnot3 (Ccr4-not complex subunit3), a Regulator of mRNA Stability, Regulates Bone Mass and Gene Expression Related to Osteoclast Formation, ASBMR 2012 (2012).
  22. Y. Ezura, T. Hayata, T. Nakamoto, T. Notomi, T. Muneta, I. Sekiya, M. Noda: Identification of Signature Genes Selectively Expressed in Mesenchymal Stem Cells Derived from Synovial Joint Tissues, ASBMR 2012 (2012).
  23. Smriti Aryal A.C, K. Miyai, Y. Ezura, T. Hayata, T. Notomi, T. Nakamoto, T. Pawson, M. Noda: Nck, an Actin Cytoskeleton Modulator, Controls Expression of Osteocytic Genes, Phosphate Homeostasis by Regulating FGF 23 Expression in Bone and Maintains Bone Mass, ASBMR 2012 (2012).
  24. M. Kawasaki, T. Nakamoto, T. Notomi, T. Hayata, Y. Ezura, M. Noda: TGF-β1 Decreases Ift88 Expression in Chondrocytic Cell Line ATDC5, ASBMR 2012 (2012).
  25. 納富拓也、光照射による生体骨構築のための基盤研究、病態講演会、徳島大学 疾患ゲノム研究センター、徳島、2012
  26. 納富拓也, 江面陽一, 野田政樹: Two Pore Channel 2を介したリソソーム由来Ca2+による新たな破骨細胞分化制御機構, 第30回日本骨代謝学会 (2012).
  27. 川崎真希理, 中元哲也, 納富拓也, 早田匡芳, 江面陽一, 野田政樹: 一次繊毛タンパクBbs3は骨代謝に関与する, 第30回日本骨代謝学会 (2012).
  28. 渡辺千穂, 江面陽一, 早田匡芳, 中元哲也, 納富拓也, 森山啓司, 野田政樹: 骨量制御の新転写後性分子機構:mRNA deadenylase であるCcr4-not complex構成因子Cnot3の欠失による高回転型の骨量減少の解析, 第30回日本骨代謝学会 (2012).
  29. 守屋秀一, 早田匡芳, 中元哲也, 納富拓也, 江面陽一, 金子和夫, 野田政樹: 骨芽細胞におけるGタンパク質共役型受容体 (GPCR)によるRANKL制御の検討, 第30回日本骨代謝学会 (2012).
  30. 江面陽一, 早田匡芳, 中元哲也, 納富拓也, 関谷一郎, 宗田大, 野田政樹: ヒト骨髄および滑膜由来間葉系細胞において異なるCpGメチル化を示す遺伝子群の探索と骨軟骨細胞分化の制御に関わる転写因子群の抽出: RUNX2およびRUNX3, D+X5, ALX4遺伝子, 第30回日本骨代謝学会 (2012).

A01 公募研究 野村渉班

  1. 野村 渉: 人工DNA修飾酵素の構築戦略とゲノム・エピゲノム編集への展開, 日本薬学会第135年会シンポジウム-エピゲノム創薬技術の最前線 (2015).
  2. 野村 渉, 他: ゲノム編集法による効率的な配列欠損反応, 「細胞を創る」研究会7.0 (2014).
  3. 野村 渉, 他: プロモーター領域を標的としたDNA二重鎖切断による配列欠損反応の解析, 第4回ゲノム編集研究会 (2014).
  4. 野村 渉, 他: ゲノム編集法による複数箇所同時切断が示す配列欠損反応効率の向上, 第8回バイオ関連化学シンポジウム (2014).
  5. Nomura W, et al : Efficient Gene Disruption at hTERT Promoter Region by Simultaneous Digestion by Pairs of ZFNs or Guide RNAs of CRISPR/Cas System, The 28th annual symposium of protein society (2014).
  6. Nomura W, et al : Enhanced Gene Disruption at Specific Promoter Region By Simultaneous Digestion of ZFN or CRISPR/Cas System, The Synthetic Biology: Engineering, Evolution & Design (SEED) conference 2014 (2014).
  7. Nomura W, et al : Enhanced Gene Disruption by Simultaneous Digestion of ZFN or CRISPR/Cas System at hTERT Promoter Region, FASEB SRC "Genome Engineering Cutting-Edge Research and Applications (2014).
  8. "野村 渉: 人工酵素によるゲノム編集工学とその応用、可能性, 日本薬学会第134年会シンポジウム-薬学における生命指向型化学-生命現象解明を加速する統合的アプローチを探る (2013)."
  9. Nomura W, et al : Creation of DNA Modification Enzymes Based on Sequence-Specificity of Zinc Finger Domains, 第6回 CBIR 若手インスパイアシンポジウム (2013).
  10. 野村 渉, 他: ジンクフィンガーからゲノム編集ツールへの展開, 2013年東日本スクリプス会 (2013).
  11. 野村 渉, 他: テロメラーゼプロモーター領域を標的としたゲノム編集, 「細胞を創る」研究会6.0 (2013).
  12. Nomura W, et al : Creation of Zinc Finger Nucleases Targeting Telomerase Promoter Region, 4th Asia-Pacific International Peptide Symposium (2013).
  13. Nomura W, et al : DNA Modification Enzymes Utilizing Sequence-Specificity of Zinc Finger Domains, CBI学会2013年大会 (2013).
  14. Nomura W, et al : Effects of Zinc Finger Nucleases Targeting Telomerase Promoter Region, The 2nd Annual Conference of the International Chemical Biology Society (2013).
  15. 野村 渉, 他: ジンクフィンガーヌクレアーゼによるテロメア活性の制御, 第7回バイオ関連化学シンポジウム(2013).
  16. 野村 渉: ジンクフィンガー融合型酵素による遺伝子発現制御法の開発, 日本薬学会第133年会シンポジウム-創薬を志向したエピジェネティクス研究の最前線 (2013).
  17. 野村 渉, 他: ジンクフィンガー融合型酵素によるゲノム編集法の開発, 日本ケミカルバイオロジー学会第7回年会 (2012).
  18. 野村 渉: 人工酵素のデザインに基づくゲノム修飾・編集法の開発, 「細胞を創る」研究会5.0. (2012).
  19. 野村 渉, 他: Quantitative analysis of sequence-specific reactions by artificial DNA recombinase, 第49回ペプチド討論会 (2012).
  20. Nomura W, et al : Development of zinc finger enzymes for genome engineering, The First International Symposium on Biofunctional Chemistry 2012 (2012).

A01 公募研究 今西未来班

  1. M. Imanishi: Design of Artificial DNA Binding Proteins towards Manipulation of Biological Rhythms, Awaji-Symposium on RNA&CLOCK (2015).
  2. 今西未来:遺伝子発現リズムを操る人工タンパク質の創製,「細胞を創る」研究会7.0. (2014).
  3. M. Imanishi: Control of the circadian clock by artificial transcription factors, 3rd Switzerland-Japan Biomolecular Chemistry Symposium (2014).
  4. M. Imanishi: Manipulation of the cellular clock using artificial transcription factors, FASEB SRC "Genome engineering: Cutting-edge research and application" (2014).
  5. M. Imanishi: Control of circadian rhythms by artificial transcription factors, Molecular Clock 2014 (2014).
  6. 今西未来: 人工転写因子を用いた細胞分子時計の操作, 日本薬学会第133年会 (2013).
  7. 今西未来, 中村篤史, 山本和俊, 土居雅夫, 岡村均, 二木史朗: 人工DNA結合蛋白質による細胞分子時計の操作, 「細胞を創る」研究会5.0 (2012).
  8. M. Imanishi, A. Nakamura, M. Doi, H. Okamura, S. Futaki: Control of cellular circadian phase by an artificial zinc-finger transcription factor, ISNAC2012 第39回国際核酸化学シンポジウム (2012).
  9. M. Imanishi, A. Nakamura, M. Doi, H. Okamura, S. Futaki: Resetting the cellular circadian clock by an artificial zinc-finger transcription factor, FASEB SCIENCE RESEARCH CONFERENCES Genome Engineering: Research & Applications (2012).

A01 公募研究 上平正道班

  1. Jane Tonello, 薗田 裕人, 山元 秀晃, 河邉 佳典, 井藤 彰, 上平 正道, Generation of genetically modified hepatoma cells with inducible high liver functions, 化学工学会第80年会 (2015).
  2. 今西 傑, 下村 卓矢, 河邉 佳典, 井藤 彰, 上平 正道, Cre組込み型レンチウイルスベクターによる特定ゲノム部位への遺伝子導入, 化学工学会第80年会 (2015).
  3. Akihiko Ono, Akira Ito, Taiga Suzuki, Yoshinori Kawabe, Masamichi Kamihira, DNA damage-induced gene expression system for living cell sensors, The 27th Annual and International Meeting of Japanese Association for Animal Cell Technology (JAACT2014) (2014).
  4. 佐藤 智詠, 井藤 彰, 河邉 佳典, 上平 正道, 低酸素応答型細胞センサーの開発, 化学工学会第46回秋季大会 (2014).
  5. 今西 傑, 下村 卓矢, 河邉 佳典, 井藤 彰, 上平 正道, Cre組込み型レトロウイルスベクターによる配列特異的遺伝子導入, 第66回日本生物工学会大会 (2014).
  6. 小野 章彦, 井藤 彰, 鈴木 大雅, 山口 雅紀, 河邉 佳典, 上平 正道, DNAダメージ誘導型遺伝子発現システムを用いた細胞センサーの開発, 第66回日本生物工学会大会 (2014).
  7. 今西 傑,下村 卓矢,河邉 佳典,井藤 彰,上平 正道, Cre組込み型ハイブリッドレトロウイルスベクターの作製, 第51回化学関連支部合同九州大会 (2014).
  8. 佐藤 智詠, 井藤 彰, 河邉 佳典, 上平 正道, 低酸素誘導型遺伝子発現システムの開発, 化学工学会第79年会 (2014).
  9. 河邉 佳典, 小畑 玲奈, 矢野 敬二郎, 松田 直樹, 山田 紀子, 井藤 彰, 上平 正道, 卵管特異的にTGF-βを発現する遺伝子導入ニワトリの作製, 化学工学会第79年会 (2014).
  10. Takuya Shimomura, Shuohao Huang, Yoshinori Kawabe, Akira Ito, Masamichi Kamihira, Site-specific cellular modification by Cre-incorporating integrase-defective retroviral vectors, CBI学会2013年大会 (2013).
  11. Masaki Yamaguchi, Akira Ito, Yoshinori Kawabe, Masamichi Kamihira, A magnetically triggered gene expression system mediated by heating of nanoparticles, CBI学会2013年大会 (2013).
  12. 山口 雅紀, 井藤 彰, 河邉 佳典, 上平 正道, 磁場誘導型遺伝子大量発現システムを用いた遺伝子治療法の開発, 第65回日本生物工学会大会 (2013).
  13. 三分一 孝則, 山元 秀晃, Tonello Jane, 河邉 佳典, 井藤 彰, 上平 正道, 高肝機能誘導型遺伝子改変ヘパトーマ細胞における遺伝子発現解析, 化学工学会第45回秋季大会 (2013).
  14. 鈴木 大雅, 井藤 彰, 山口 雅紀, 河邉 佳典, 上平 正道, DNAダメージ誘導型遺伝子発現システムを用いた細胞センサーの開発, 化学工学会第45回秋季大会 (2013).
  15. Jane M Tonello, Hideaki Yamamoto, Yoshinori Kawabe, Akira Ito, Masamichi Kamihira, Development of genetically modified hepatoma cells with inducible liver functions, 第50回化学関連支部合同九州大会 (2013).
  16. 矢野 敬二朗,黒原 健志,原田 翔太,河邉 佳典,井藤 彰,上平 正道, 遺伝子導入ニワトリにおける卵管特異的導入遺伝子発現, 第50回化学関連支部合同九州大会 (2013).
  17. 薗田 裕人,山元 秀晃,三分一 孝則,河邉 佳典,井藤 彰,上平 正道, 高肝機能化ヘパトーマ細胞のための遺伝子発現制御システムの開発, 第50回化学関連支部合同九州大会 (2013).
  18. 山口雅紀, 井藤彰, 河邉佳典, 上平正道, ハイブリッドプロモーターシステムを用いた磁場誘導型がん温熱遺伝子治療法の開発, 化学工学会第78年会 (2013).
  19. 下村卓矢, 黄碩豪, 河邉佳典, 井藤彰, 上平正道, 部位特異的遺伝子導入のためのCre組込みレトロウイルスベクターの作製, 化学工学会第78年会 (2013).
  20. 鈴木大雅, 山口雅紀, 井藤彰, 河邉佳典, 上平正道: ハイブリッドプロモーターシステムを用いたストレス応答型細胞センサーの開発, 第49回化学関連支部合同九州大会 (2012).
  21. 下村卓矢, 黄碩豪, 河邉佳典, 井藤彰, 上平正道: IN欠損型レンチウイルスベクターを用いた動物細胞染色体上への配列特異的遺伝子導入, 第49回化学関連支部合同九州大会 (2012).
  22. 上平正道: ハイパーサーミア遺伝子治療システムの開発, バイオマテリアル学会第2回九州地区講演会 (2012).
  23. 下村 矢, 黄碩豪, 稲生崇規, 河邉佳典, 井藤彰, 上平正道: Cre組込型レトロウイルスベクターによるCHO細胞への部位特異的遺伝子導入, 化学工学会第44回秋季大会 (2012).
  24. 上平 正道, ハイブリッドウイルスベクターの開発, 化学工学会第44回秋季大会 (2012).
  25. Masaki Yamaguchi, Akira Ito, Noriaki Okamoto, Yoshinori Kawabe, Masamichi Kamihira: A heat-inducible gene expression system for gene therapy, World Academy of Science, Engineering and Technology 2012 (WASET 2012-Paris) (2012).
  26. 河邉佳典, 黄碩豪, 下村卓矢, 井藤彰, 上平正道, インテグラーゼ欠損型ガンマレトロウイルスおよびレンチウイルスベクターを用いた組換え酵素による配列特異的遺伝子導入法の開発, 第35回日本分子生物学会年会 (2012).
  27. Masaki Yamaguchi, Akira Ito, Noriaki Okamoto, Yoshinori Kawabe, Masamichi Kamihira: Heat-inducible gene expression system using hybrid HSP70 promoter for hyperthermia gene therapy, The 11th International Congress of Hyperthermia Oncology & The 29th Japanese Congress of Thermal Medicine (ICHO & JCTM 2012) (2010).

A01 公募研究 末次正幸班

  1. 末次正幸、松本健佑、小林寛子、大腸菌遺伝子転写の細胞周期制御、「細胞を創る」研究会7.0、(2014)
  2. 松本健佑、末次正幸、大腸菌における細胞周期依存の転写活性変動のリアルタイム観測系を用いた解析、第37回分子生物学会年会(2014)
  3. 松本健佑、末次正幸、大腸菌における細胞周期依存性の転写活性変動のリアルタイム観測、第11回 21世紀大腸菌研究会(2014)
  4. 末次正幸、小林 寛子、松本 健佑、片山 勉、再構成アプローチによる大腸菌染色体複製周期の解析. 日本農芸化学会(2014)
  5. 末次正幸、小林 寛子、藤光 和之、片山 勉、大腸菌染色体「複製サイクル」再構成にむけた試験管内反応系. 第36回日本分子生物学会年会(2013)
  6. Su'etsugu M, Kobayashi H. and Katayama T, An approach to reconstruction of cell cycle oscillation of DnaA activity for replication initiation and transcription regulation. CBI学会(2013)
  7. 末次正幸, 片山勉: 精製蛋白質によって再構成される大腸菌染色体の複製サイクル, 第10回21世紀大腸菌研究会(2013)
  8. 末次正幸: バクテリア染色体複製のリズム, 生物リズム若手研究者の集い(2013)
  9. 末次正幸, 小林寛子, 片山勉: ゲノムスケールのDNA結合領域解析から探る大腸菌複製開始蛋白質DnaAの機能と制御, ゲノム支援拡大班会議(2013)
  10. 末次正幸, 片山勉: 試験管内再構成系における大腸菌ミニ染色体複製の開始―伸長―終結サイクル, 第85回日本生化学会大会 (2012).
  11. 末次正幸, 片山勉: 大腸菌ミニ染色体複製の試験管内再構成における粗画分系と精製系の解析, 日本遺伝学会第84回大会 ワークショップ「細胞創成に向けた遺伝子とゲノムデ ザインのシナリオ」(2012).
  12. 末次正幸, J. Errington: 枯草菌染色体複製とその開始制御におけるDnaNクランプの役割, 第24回日本薬学会微生物シンポジウム (2012).
  13. 末次正幸, J. Errington: 枯草菌DnaNクランプの染色体複製開始制御における役割, グラム陽性菌ゲノム機能会議 (2012).

A01 公募研究 宮崎健太郎班

  1. Miyazaki K: Functional screening strategy, International Functional Metagenomics Workshop (2012).
  2. 宮崎健太郎: メタゲノムからの有用遺伝子探索, 次世代シーケンス東京セミナー・メタゲノムセミナー (2012).
  3. 北原圭, 宮崎健太郎: 16SリボソームRNAのへリックス41はリボヌクレアーゼIの特異的インヒビターである, 第9回 21世紀大腸菌研究会 (2012).
  4. 城俊徳, 矢追克郎, 宮崎健太郎, 若木高善, 伏信進矢: メタゲノム由来GH1 β-グルコシダーゼTd-2F2のグルコース阻害耐性の構造基盤, 日本応用糖質科学会平成24年度大会 (2012).
  5. 佃美雪, 宮崎健太郎: 16S rRNAの置換変異による大腸菌宿主デザイン, 細胞を創る」研究会5.0 (2012).
  6. 佐藤允治, 宮崎健太郎: 系統ネットワーク法で見る腸内細菌目16S rRNAの網状進化, 第2回リボソームミーティング (2012).
  7. 佃美雪, 宮崎健太郎: 16S rRNA置換変異による大腸菌宿主改良, 第2回リボソームミーティング (2012).

A01 公募研究 磯村彰宏

  1. Akihiro Isomura, Fumiko Ogushi, Hiroshi Kori, Ryoichiro Kageyama: Controlling Natural Genetic Oscillators by Light, The 2015 Winter q-bio meeting (2015).
  2. 磯村 彰宏: 光遺伝学による短周期遺伝子発現リズムの引き込み同調, 第37回 日本分子生物学会年会 (2014).

B01 計画研究 木賀大介班

  1. Ohuchi S, Sagawa F, and Inoue T. Purification of a triangular RNA-protein complex fully loaded with an RNA-binding protein by sequential affinity elimination. The 41st Symposimum on Nucleic Acids Chemistry, Nov. 5, Fukuoka (2015).
  2. 清岡隆司,松村茂祥,井川善也: 二分子スプライシング・リボザイムを基盤としたシグナル増幅型RNAデバイス, 日本化学会 第95春季年会 (2015).
  3. 平田悠介,井川善也,松村茂祥: キメラ二量化リボザイムによるクロス・スプライシング・システムの構築, 日本化学会 第95春季年会 (2015).
  4. H. Ohno, T. Inoue: Square-shaped nanostructures made with RNA-protein interacting module, DNA20 (2014).
  5. Yoshihiko Fujita, Fumihiko Sagawa, Ohno Hirohisa, Rie Furushima, Tan Inoue; “Size Dependent Regulation of Apoptosis with a Series of Equilateral-Triangular Shaped RNA-protein Complexes”, DNA20 Kyoto, Japan (2014).
  6. 藤田 祥彦, 佐川 文彦, 大野 博久, 井上 丹; “RNP ナノ構造による細胞表面レセプターの信号制御” 京都 分子生物学会(2014).
  7. 田中貴大,古田弘幸,井川善也: RNA 2分子間の同時編集制御を目指したTetrahymenaグループIリボザイム2量体の構築, 第16回日本RNA学会年会 (2014).
  8. 西村圭一郎, 柿澤仁史, 古田弘幸, 井川善也: c-di-GMP応答型リボスイッチの発言プラットフォームの機能解析, 第8回バイオ関連化学シンポジウム (2014).
  9. 藤田大介、上原成海、松村茂祥、古田弘幸、井川 善也:グループIイントロンをモジュール単位とした一次元、二次元RNAナノ構造の構築 第8回バイオ関連化学シンポジウム (2014).
  10. T. Tanaka, F. Hiroyuki, Y. Ikawa: Self-dimerizing group I ribozymes as a new class of modular units for cooperative editing between two RNA strands, The 20th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (2014).
  11. T. Tanaka, H. Furuta, Y. Ikawa: Construction of splicing control module between two intron RNA strands by dimerization of the Tetrahymena group I ribozyme, The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (2014).
  12. N. Uehara, D. Fujita, S. Matsumura, H. Furuta, Y. Ikawa: Catalytic 1D & 2D-supramolecular RNA nanostructures formed by self-assembly of engineered group I ribozymes, The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (2014).
  13. 柿澤仁史,西村圭一郎,松村茂祥,古田弘幸,井川善也: コレラ菌由来c-di-GMP応答型リボスイッチの機能構造相関解析,日化近畿支部 北陸地区研究発表会 (2014).
  14. 藤田大介,上原成海,松村茂祥,古田弘幸,井川善也: グループⅠイントロンを構成単位とした1D・2DRNAナノ構造体の構築と活性発現の制御,日化近畿支部 北陸地区研究発表会 (2014).
  15. 平田 悠介,富永 雄人,古田 弘幸,井川 善也: キメラ二量化リボザイムによる交差型スプライシング・システムの構築,日化近畿支部 北陸地区研究発表会 (2014).
  16. 田中貴大,古田弘幸,井川善也: TetrahymenaグループIリボザイム2量化による2つのイントロンRNA間のスプライシング制御モジュールの構築, 日化近畿支部 北陸地区研究発表会 (2014).
  17. 柿澤仁史,西村圭一郎,古田弘幸,井川善也: c-di-GMP応答型リボスイッチの発現プラットフォームの機能及び構造解析,第37回 日本分子生物学会年会 (2014).
  18. 田中貴大,古田弘幸,井川善也: TetrahymenaグループIリボザイム2量化による2つのイントロンRNA間のスプライシング制御モジュールの構築,第37回日本分子生物学会年会 (2014).
  19. D. Kiga: "19 and 21 Amino Acid Codes", Gordon Research conference “Origins of Life”(2014).
  20. 木賀大介 石松愛 畑敬士: 「合成生物学による遺伝子大量発現によって双安定システムに多分化能を与える」, 日本農芸化学会2013年度大会 (2014).
  21. 網蔵和晃 木賀大介:「原始タンパク質を創造するための単純化異伝暗号表」,生命の起原および進化学会第38回学術講演会(2013).
  22. Yoshihiko Fujita, Ohno Hirohisa, Rie Furushima, Tan Inoue; “RNA-protein complexes for designing functional nanostructured molecules”, CBI2013 (2013).
  23. 木賀大介:「合成生物学による『生命』の創製」,日本 ヒト細胞学会(2013).
  24. D. Kiga:Simplification of the genetic code, Synthetic Biology 6.0 (2013).
  25. D. Kiga: Synthetic/constructive experiment of life and evolution of genome, The first ELSI symposyum (2013).
  26. D. Kiga: Implementation of artificial genetic circuits based on deformation of a nullcline, The first annual winter q-bio meeting (2013).
  27. 木賀大介: 生命・細胞をつくる, 武田シンポジウムつくって理解 細胞から宇宙まで (2013).
  28. 樫田俊一,井上丹,齊藤博英: 三次元分子デザイン: 蛋白質に応答する人工RNAデバイスの構築, 分子ロボティックス研究会6月定例会 (2013).
  29. 木川隆則: 生命分子構造動態研究の発展に資する標識技術, 第46回よこはまNMR構造生物学研究会ワークショップ (2013).
  30. D. Kiga: Conferring multipotency to the bistable system by overexpression of genes, Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology (2012).
  31. D. Kiga: NiceSynthetic Biology Chair, Japanse-French Frontier Science Symposium (日仏先端科学シンポジウム) (2012).
  32. 木賀大介: 複雑な生命システムへの理論的・構成的アプローチ「ヌルクラインの変形に基づく人工遺伝子回路の実装」, 第35回分子生物学会シンポジウム (2012).
  33. 木賀大介: 数理モデルと定量結果とに基づいた人工遺伝子回路の改善サイクル, 定量生物学の会第五回年会 (2012).
  34. 石松愛, 畑敬士, 木賀大介: 遺伝子大量発現によって双安定システムに多能性を与える, 第64回日本生物工学会大会 (2012).
  35. 河原晃大, 木賀大介: 単純化遺伝暗号を活用した タンパク質修飾法の開発, 日本化学会第6回バイオ関連化学シンポジウム (2012).
  36. 木賀大介: 『細胞を創る』研究から知るありえた生命のかたち, ライフテクノロジーズNEXTフォーラム (2012).
  37. 木賀大介: 合成生物学とデュアルユース問題, 日本学術会議主催シンポジウム デュアルユース問題とBSL4 施設シンポジウム (2012).
  38. 木川隆則: 理研横浜NMR施設と立体構造解析パイプライン, 日本薬学会 第132年会 (2012).
  39. 木川隆則: スパースなデータを活用した生命分子NMR計測の高度化, 第4回圧縮センシングとその周辺 (2012).
  40. 生命は人工合成できるか~遺伝子工学の拡張と“あり得た生命”の創造, アウトリーチ 読売テクノフォーラム 143回研究交流会 (2011).
  41. 野地博行, 木賀大介: 細胞を創ることを目指した遺伝子ネットワークの構成的研究とその基盤技術, 第33回日本分子生物学会年会 (2011).
  42. 木賀大介: つくる核酸, 「細胞を創る」研究会4.0 (2011).
  43. 木賀大介: iGEMの歴史と教育効果, 第63回日本生物工学会大会 ワークショップ「iGEM を通した合成生物学研究者の育成」内 (2011).
  44. 木賀大介: Waddingtonの地形の概念を人工遺伝子回路でデザインする, 第84回日本生化学会 シンポジウム「ゲノムデザインの最前線」内 (2011).
  45. 木賀大介: Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington's landscape through autonomous signaling, 第49回日本生物物理学会年会 シンポジウム「生命システムの情報処理」内 (2011).
  46. 木賀大介: 「つくる」生物学とその国際学生コンテストの話題, 明治大学科学技術研究所公開講演会 (2011).
  47. 木賀大介: 生命は人工合成できるか~遺伝子工学の拡張とあり得た生命の創造, 読売テクノフォーラム 143回研究交流会 (2011).
  48. Takanori Kigawa: The Use of the Improved E. coil Cell-Free Protein Syntheseis for Structural Biology, PEGS2011, (2011).
  49. 木川隆則: 核磁気共鳴 (NMR)法における情報処理, 圧縮センシングとその周辺(2) (2011).
  50. 木川隆則: 理研横浜NMR施設の現状とこれから, 大阪大学蛋白質研究所セミナー (2011).
  51. Takanori Kigawa: Cell-Free Protein Synthesis for Biomolecular NMR, 4th Asia-Pacific NMR Symposium (2011).

B01 計画研究 Yannick Rondelez班

  1. Workshop on Mathematics and its applications to complex phenomena arising in biology, chemistry and medicine, Y. Rondelez, Programming chemical morphogenesis, Marseille, 3-5 June (2014)
  2. DNATEC 2014. DNA-Based Nanotechnology: Digital Chemistry, Y. Rondelez, Parameter landscapes for dynamical reaction networks programs. Dresden 5-9.05 (2014)
  3. Gordon Research Conference on Oscillations & Dynamic Instabilities: Y. Rondelez, Rational building of molecular programs with DNA, Spain 13-18.08 (2014)
  4. A. Genot, A. Baccouche, R. Sieskind, N. Aubert, J.-F. Bartolo, V. Taly, T. Fujii & Y Rondelez. High resolution landscape of a molecular program DNA20 Kyoto Japan, (2014) Oral.
  5. A. Zambrano, A. Zadorin, Y. Rondelez, A. Estevez-Torres & J.-C. Galas, DNA-based reaction-diffusion waves within microfluidics DNA20 (2014). Poster.
  6. Q. H. Dinh, H. Iba & Y. Rondelez. Evolutionary construction of dynamic biochemical systems performing mathematical calculations DNA20 (2014). Poster
  7. N. Aubert, A. Drame-Maigne, Y. Rondelez & M. Hagiya. Using the DACCAD framework to quickly develop tools for DNA computing system design DNA20 (2014), Poster.
  8. A. Zadorin, Y. Rondelez, J.-C. Galas, A. Estevez-Torres DNA-based reaction-diffusion waves of tunable velocity Gordon Research Conference on Oscillations & Dynamic Instabilities. Girona, Spain 13-18.08 (2014) Oral
  9. Advances in Molecular Programming and Computing, Y. Rondelez, Rational design of temporal and spatiotemporal emergence, Copenhaguen 2-4.05 (2013)
  10. Frontiers of nanoscience and biosystems, LIMMS workshop, Y. Rondelez, Building emergent chemical systems, 16-17.05 (2013)
  11. Solvay Workshop on Patterns and Hydrodynamic Instabilities in Reactive Systems, Y. Rondelez, Rational encoding of reaction- and reaction-diffusion networks using DNA. Bruxelles 15-17.05 (2013)
  12. DNA19 Conference. Y. Rondelez, Molecular programming with the DNA toolbox. Tempe Arizona (US) 22-27.09 (2013)
  13. French-Japanese Workshop on Bioinspired Methods & applications, Y. Rondelez, Is molecular programming a good model of biological circuits? Tokyo 4-6.02 (2013)4
  14. A. Estévez-Torres, L. Mzali, A. Kalley, A. Zadorin, Y. Rondelez, J.-C. Galas Microfluidic to explore spatial behavior of synthetic biochemical networks microTAS Freiburg Germany (2013) Oral
  15. A. Vlandas, A. Padirac, Y. Rondelez, A. Estevez-Torres Switching a bistable DNA circuit electrically DNA19 Tempe, USA, 22-27.09 (2013) Poster
  16. A. Baccouche, T. Fujii, Y. Rondelez New inhibitory architecture for in vitro DNA reaction networks DNA19 Tempe, USA, 22-27.09 (2013) Poster
  17. N. Aubert, T. Fujii, M. Hagiya, Y. Rondelez A Computer Assisted Design Tool for Dynamic DNA Computation Systems DNA19 Tempe, USA, 22-27.09 (2013) Poster
  18. A. Padirac, J-C. Galas, A. Zadorin, A. Kalley, Y. Rondelez, A. Estévez-Torres. DNA molecular programming goes spatial DNA19 Tempe, USA, 22-27.09 (2013) Oral
  19. N. Aubert, H. D. Quang, M. Hagiya, H. Iba, T. Fujii, Y. Rondelez, Evolution of Cheating DNA-Based Agents Playing the Game of Rock–Paper–Scissors. ECAL, Taormine, Italy 2-6.09 (2013) Oral
  20. A. Padirac, A. Baccouche, F. Teruo, A. Estevez-Torres and Y. Rondelez Predator-prey molecular landscapes ECAL, Taormine, Italy 2-6.09 (2013) Poster
  21. S. H. Kim, D. Fourmy, T. Fujii: Measurement of ATP concentration of individual cells with electroactive microwell array, MMB2013 (2013).
  22. A. Genot, T. Fujii, Y. Rondelez: An in-vitro toolbox to model gene regulatory networks, International Biotechnology Symposium (2012).
  23. Y. Rondelez: In vitro models of gene regulatory networks, International Workshop on Quantitative Biology (2012).
  24. Padirac & Y. Rondelez: DNA predators and their preys in complex in vitro ecosystems, Meeting of the Society for Evolutionary Studies (2012).
  25. Y. Rondelez: Dynamic DNA circuits and ecosystems, Molecular Programming Retreat (2012).
  26. Y. Rondelez: Emerging temporal patterns from DNA networks, FNANO 2012 (2012).
  27. J. Genot, T. Bath, T. Fujii, Y. Rondelez, A. Turberfield: Programming matter (s): from Turing to Kirby and back to E. Coli, FNANO 2012 (2012).
  28. A. Padirac, Estévez-Torres, T. Fujii, Y. Rondelez; Spatially-resolved DNA ecosystem, MicroTAS2012 (2012).
  29. L. Desbois, A. Padirac, Y. Rondelez, T. Fujii: A microfluidic device for temperature triggered DNA amplification in agarose microbeads, MicroTAS2012 (2012).
  30. T. Fujii, Y. Rondelez: Predator-Prey DNA oscillators, DNA18 (2012).
  31. N. Aubert, Y. Rondelez, T. Fujii, M. Hagiya: Enforcing delays in DNA computing systems, DNA18 (2012).
  32. A. Padirac, Estévez-Torres, T. Fujii, Y. Rondelez: Spatially-resolved DNA ecosystems, DNA18 (2012).
  33. T. Genot, T. Fujii, Y. Rondelez: Molecular computations with competitive neural networks that exploit linear and nonlinear kinetics, Turing 100 (2012).
  34. S. H. Kim, X. He, S. Kaneda, J. Kawada, D. Fourmy, H. Noji & T. Fujii, Quantitative analysis of gene expression level of indivisual iPS cells by using electroactive microwell array, Proceedings of MicroTAS2012 conference (2012).

B01 計画研究 陶山明班

  1. K. Shohda, T. Sugawara, A. Suyam: A protocell model based on liposome., 定量生物学の会第五回年会 (2012).
  2. H. Hata, A. Suyama: Quantitative Analysis of DNA Microarray Hybridization Kinetics., 定量生物学の会第五回年会 (2012).
  3. 庄田耕一郎, 高橋慧, 菅原正, 陶山明: 生体分子反応システムを封入したオイルフリーGUV, 「細胞を創る」研究会5.0 (2012).
  4. M. Yokomori, O. Gotoh, A. Suyama: A multiplex and sensitive RNA quantification method for determining the absolute amounts of mRNAs without reverse transcription processes, 定量生物学の会第五回年会 (2012).
  5. A. Suyama: Artificial Vesicles with Molecular Computers Working Inside, SAINT SEMINAR, SKKU Advanced Institute of Nanotechnology (2012).
  6. K. Shohda, T. Sugawara, A. Suyam: Molecular computing system RTRACS encapsulated in oil-free giant unilamellar vesicle, 日本生物物理学会 (2012).
  7. M. Yokomori, O. Gotoh, A. Suyama: Genome and transcriptome analysis using code words for DNA computing., The 18th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (2012).
  8. A. Kan, K. Shoda, A. Suyama: A DNA-based molecular logic gate capable of a variety of logical operations.The 18th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (2012).
  9. 畑宏明,北島哲郎,陶山明: 不安定な二次構造がDNAのハイブリダイゼーション反応速度に及ぼす影響,日本物理学会 (2012).
  10. K. Shohda, T. Sugawara, A. Suyam: Molecular computing system RTRACS in the cell-sized liposome: as an artificial cell model, 定量生物学の会第四回年会 (2012).
  11. M. Yokomori, O. Gotoh, K. Shohda, Akira Suyama: A multiplex quantification method for RNA expressions without reverse transcription processes, 分子生物学会 (2011).
  12. T. Nukada, N. Ishikawa, K. Shohda, A. Suayama: An artificial cistron regulated by nucleic acid-nucleic acid interactions that facilitates rational construction of genetic networks, 日本分子生物学会 (2011).
  13. K. Takahashi, K. Shohda, A. Suyama: Giant unilamellar vesicle preparation under physiological conditions, 日本分子生物学会 (2011).
  14. K. Shohda, T. Sugawara, A. Suyama: Reaction of molecular computing system RTRACS in the cell-sized liposome, 「細胞を創る」研究会4.0 (2011).
  15. T. Nukada, N. Ishikawa, K. Shohda, A. Suayama: Construction of an artificial cistron regulated by nucleic acid-nucleic acid interactions, International Symposium on Synthesizing life and biological systems and Annual Meeting of Cell Synthesis Research 2011 (2011).
  16. 陶山明: 無細胞タンパク質合成系を利用した人工遺伝子回路の合理的な構築, 日本生物工学会 (2011).
  17. K. Shohda, T. Sugawara, A. Suyama: Behavior of molecular computing system RTRACS in the cell-sized liposome, 日本生物物理学会 (2011).
  18. T. Nukada, N. Ishikawa, K. Shohda, A. Suayama: Dynamic expression regulation of an artificial cistron that facilitates rational construction of genetic networks, 日本生物物理学会 (2011).
  19. K. Takahashi, K. Shohda, A. Suyama: Giant unilamellar vesicles preparation in the presence of both mono-and di- valent metal ions, 日本生物物理学会 (2011).

B01 公募研究 車兪徹班

  1. Yutetsu Kuruma: Reconstruction of cell membrane function, "RNA, Peptides, Vesicles and Exoplanets" (Feb. 26-27, 2015), Boston, USA.
  2. Hideaki Matsubayashi, Yutetesu Kuruma, Takuya Ueda: Cell-free synthesis of Sec translocon on liposome membrane, Biophysical Society 59th Annual Meeting (Feb. 7-11, 2015), Maryland, USA.
  3. Yutetsu Kuruma: Construction of artificial cell membrane for the study of the origin and evolution of life, The 3rd ELSI (Earth-Life Science Institute) International Symposium (Jan. 13-15, 2015), Tokyo, Japan.
  4. 松林英明、車ゆうてつ、西山賢一、上田卓也: PURE systemによる膜タンパク質合成システムの構築, 第9回無細胞生命科学研究会、大阪 (2014年12月)
  5. 古里 匠, 松林 英明, 車ゆうてつ、上田 卓也: 無細胞タンパク質合成系を用いた細胞分裂系の再構成, 第9回無細胞生命科学研究会、大阪 (2014年12月)
  6. Yutetsu Kuruma: Fatty Acid Synthesis Inside Giant Unilameller Vesicle - Toward the construction of self-reproducing protocell-, 領域横断研究会「細胞力学と細胞運動の協奏」, Fukuoka, December 2014
  7. 松林 英明, 車 兪澈, 上田 卓也: 無細胞翻訳系による SecYEG トランスロコンの合成、第37回日本分子生物学会年会、横浜、2014年11月
  8. 松林 英明, 車 兪澈, 上田 卓也: Sec transloconのin vitro再構成、「細胞を創る」研究会7.0、東京、2014年11月
  9. 古里 匠, 松林 英明, 車ゆうてつ、上田 卓也: 無細胞タンパク質合成系を用いた細胞分裂系の再構成、「細胞を創る」研究会7.0、東京、2014年11月
  10. 松林 英明, 車 兪澈, 上田 卓也: 無細胞翻訳系による SecYEG トランスロコンの合成, 第52回日本生物物理学会年会、札幌 (2014年9月)
  11. 車 兪澈:自己複製可能な人工細胞の構築に向けて、第2回「ゆらぎと構造の協奏」領域研究会、2014年8月29日-31日、北海道大学工学部オープンホール
  12. 車 兪澈:生命の誕生に必須な膜の形成—ボトムアップとトップダウンアプローチ—、日本進化学会 第16回大阪大会、2014年8月21日〜8月24日、高槻現代劇場
  13. Yutetsu Kuruma: In vitro reconstruction of functional cell membrane, Satellite workshop in ALIFE 14 "What can Synthetic Biology offer to (Embodied) Artificial Intelligence? SB-AI 2014", New York, July 2014
  14. Yutetsu Kuruma: In Vitro Reconstruction of Functional Membrane, ALIFE 14, New York, July 2014
  15. Hideaki Matsubayashi, Yutetsu Kuruma, Takuya Ueda: In Vitro Synthesis of Sec Translocon from DNA, Open Questions of the Origin of Life 2014, Kyoto, July 2014
  16. Yutetsu Kuruma: Creation a possible living organism that might exist in an early earth condition, ORIGINS2014, Nara, July 2014
  17. 車 兪澈:人工細胞の構築に向けた生体膜機能の再構築、首都大バイオ・ソフトマターセミナー、2014年6月12日, 首都大学東京
  18. 車 兪澈:人工細胞の構築に向けた生体膜機能の再構築、第11回21世紀大腸菌研究会、2014年6月5日−6日、岩手県盛岡市
  19. 松林 英明, 車 兪澈, 上田 卓也: 無細胞翻訳系による SecYEG トランスロコンの合成、2014年6月5日−6日、岩手県盛岡市
  20. Yutetsu Kuruma: Creation of possible living organisms to study an early life, The 2nd ELSI (Earth-Life Science Institute) International Symposium, Tokyo, March 2014
  21. Yutetsu Kuruma: Autonomous construction of synthetic cell membrane, 12th European Conference on Artificial Life, Taormina, Italy, September 2-6 2013
  22. Yutetsu Kuruma: Synthetic biology approach for in vitro cell signaling, Work Shop: What Synthetic Biology can offer to Artificial Intelligence? Perspectives in the Bio-Chem-ICT and other scenarios. 12th ECAL Taormina, Italy, September 2-6 2013
  23. Yutetsu Kuruma: From gene to membrane function in cell-free system, The 65th Fujihara Seminar International Symposium on Synthetic Biology of Unnatural Base Pairs and Amino Acids. 1st–4th Oct, 2013, Hokkaido, Japan
  24. Construction of membrane protein complexes by cell-free system, 第35回日本分子生物学会年会 (2012).
  25. 無細胞系で創る膜タンパク質複合体,「細胞を創る」研究会5.0 (2012).
  26. 無細胞タンパク質合成系による膜タンパク質複合体の構築, 第7回無細胞生命科学研究会 (2012).

B01 公募研究 小川敦司班

  1. 小川敦司: Hybridization switch-freeの真核系ONリボスイッチを創る, 第8回バイオ関連化学シンポジウム (2014).
  2. 中平洋一, 小川敦司, 浅野宏幸, 小山時隆, 戸澤譲: 人工リボスイッチを基盤としたラン藻の新規遺伝子発現制御技術, 第55回日本植物生理学会年会 (2014).
  3. 小川敦司: 小麦胚芽無細胞翻訳システムを利用した真核系人工リボスイッチの開発, 第1回合成生物学研究部会セミナー (2014).
  4. 中平洋一, 小川敦司, 浅野宏幸, 小山時隆, 戸澤譲: 人工リボスイッチを用いたラン藻のための新規遺伝子発現制御技術, 第36回日本分子生物学会年会 (2013).
  5. Y. Nakahira, A. Ogawa, H. Asano, T. Oyama, Y. Tozawa: Theophylline-dependent Riboswitch as a Useful Genetic Tool for Synthetic Biology in Cyanobacteria, CBI Annual Meeting 2013 (2013).
  6. Y. Doi, A. Ogawa: t-Riboregulator: Regulation of Nonsense Suppression by Modulating 3' Processing of Suppressor tRNA, CBI Annual Meeting 2013 (2013).
  7. Y. Nakahira, A. Ogawa, H. Asano, T. Oyama, Y. Tozawa: Theophylline-dependent synthetic riboswitch is a useful genetic tool for strict regulation of protein expression in cyanobacteria, Protein Island Matsuyama International Symposium 2013 (2013).
  8. 小川敦司: コムギ無細胞システムを利用した真核リボスイッチの合理設計, 第15回日本RNA学会年会 (2013).
  9. 小川敦司: 無細胞翻訳システムを利用した真核系人工リボスイッチの開発, 第190回愛媛大学応用化学セミナー (2013).
  10. 中平洋一, 小川敦司, 浅野宏幸, 小山時隆, 戸澤譲: ラン藻のための新規遺伝子発現制御技術の開発, 第54回日本植物生理学会年会 (2013).
  11. 小川敦司: IRES依存翻訳を利用した真核系リボスイッチの合理設計, 第7回無細胞生命科学研究会 (2013).
  12. A. Ogawa: Rational Design of IRES-Based Eukaryotic ON-Riboswitches, Protein Island Matsuyama International Symposium 2012 (2012).
  13. 小川敦司: 合成生物学基盤技術を指向した人工リボスイッチの開発, 新世代の生物有機化学研究会2012 (2012).

B01 公募研究 野澤彰班

  1. A. Nozawa, Y. Tozawa. Cell-free system for functional analysis of membrane transporters, The 12th Matsuyama International Symposium on Proteo-Sciences (2014).
  2. 野澤彰, 戸澤 譲: Adenine nucleotide transporter ANT1を膜上に配置したプロテオリポソームにおける内封ルシフェラーゼ活性の外部からの制御, 日本農芸化学会年会 (2014).
  3. 野澤彰, 戸澤譲: 無細胞系を利用した膜蛋白質合成法の開発とその合成生物学への応用, 第一回合成生物学研究部会 (2014).
  4. 野澤彰, 戸澤譲: 脂質組成と再構成ミトコンドリアキャリア蛋白質の膜輸送活性との関係, 日本農芸化学会中四国支部第36回講演会 (2013).
  5. 野澤彰, 戸澤譲: コムギ無細胞翻訳系を利用した膜蛋白質の機能解析系の構築, 日本植物生理学会年会シンポジウム「植物科学のための再先端蛋白質解析技術」 (2013).
  6. 岡田有右, 野澤彰, 藤本竜治, 戸澤譲: 酵母ミトコンドリアキャリア蛋白質の無細胞合成および膜輸送活性の再構成, 日本農芸化学会年会 (2013).
  7. 岡田有右, 野澤彰, 戸澤譲: 酵母ミトコンドリアキャリアータンパク質の機能解析, 日本農芸化学会中四国支部第34回講演会 (2012).
  8. Y. Okada, R. Fujimoto, A. Nozawa, Y. Tozawa. From bacteria to organelles: Cell-free analysis and characterization of mitochondrial carrier proteins, The 10th Matsuyama International Symposium on Cell-Free Sciences (2012).

B01 公募研究 西山賢一班

  1. 西山 賢一、前田 将秀、Moser Michael、楠本 正一、徳田 元: タンパク質膜挿入・膜透過に関与する糖脂質酵素(Glycolipozyme)MPIaseの構造と機能、日本農芸化学会大会2015 大会(2015)
  2. 佐々木 優、Moser Michael、永野 孝典、松林 英明、車 ゆうてつ、上田 卓也、西山 賢一:糖脂質酵素MPIaseと タンパク質膜透過チャネル SecYEGに依存したタンパク質膜挿入反応の再構成、日本農芸化学会大会2015 大会(2015)
  3. Ken-ichi Nishiyama: Reconstitution of preprotein translocation across and membrane protein integration into the cytoplasmic membrane of E. coli、「細胞を創る」研究会 7.0(2014)
  4. Ken-ichi Nishiyama: Interaction between MPIase, a glycolipid involved in membrane protein integration andpreprotein translocation, and its target proteins, The 3rd International Symposium on Chemical Biology of Natural Products: Target ID and Regulation of Bioactivity (2014)
  5. 西山賢一:タンパク質膜挿入に関与する糖脂質酵素MPIase とYidC との機能的相互作用、第9回無細胞生命科学研究会(2014)
  6. 遠藤 佑太, 松林 英明,車 兪澈,上田 卓也,西山 賢一:タンパク質膜挿入に関与する糖脂質酵素MPIase の植物ホモログの探索、第9回無細胞生命科学研究会(2014)
  7. 西山賢一:タンパク質膜挿入・膜透過に関与する糖脂質酵素(Glycolipozyme)MPIaseの構造と機能、文部科学省特別経費「分子構築イノベーション」ロンティア化学教育研究センター(FCC)講演会(北海道大学工学研究院)(2014)
  8. Ken-ichi Nishiyama: Functional interaction between glycolipozyme MPIase and the YidC protein in protein integration into membranes, Gordon Research Conference on Bacterial Cell Surfaces (2014)
  9. Michael Moser、Maria Huber、西山 賢一:タンパク質膜透過・膜挿入に関わる糖脂質酵素MPIaseとYidCとの機能的相互作用、21世紀大腸菌研究会(2014)
  10. 西山賢一:タンパク質膜透過・膜挿入に関与する糖脂質酵素(glycolipozyme)MPIaseの構造と機能、第258回生物科学セミナー(大阪大学)(2014)

B01 公募研究 中野秀雄班

  1. M. Musabaev, I. Kobayashi, T.Kojima, H.Nakano, In vitro transcription/translation in emulsion produced by a simple flow-focusing device, 249th ACSMeeting &Exposition(2015)
  2. B. Zhu, T Mizoguchi, T. Kojima, H. Nakano. In vitro synthesis of horseradish peroxidase with DNA binding tag and its fluorogenic assay for bead display-based ultra-high-throughput screening. Japan-Italy Joint Symposium. (2014)
  3. H. Nakano, E. Ota, B. Zhu, T. Kojima. Bead display of heme enzymes for function-based high-throughput screening. Japan-Italy Joint Symposium. Nov, (2014)
  4. B. Zhu, T. Mizoguchi, T.i Kojima, and H. Nakano. In Vitro Synthesis of Horseradish Peroxidase with DNA binding tag and its fluorogenic assay for bead display-based ultra-high-throughput screening. 日本農芸化学会中部支部 第171回例会 (2014)
  5. 太田 英里, 朱 博, 兒島 孝明, 中野秀雄. DNA 結合タンパク質を用いたビーズディスプレイ法による糸状菌由来マンガンペルオキシダーゼのハイスループットスクリーニング系の開発. 第171回例会 (2014)
  6. 溝口 琢郎, 兒島 孝明, 人見 清隆, 中野 秀雄. DNA結合タンパク質を用いたタンパク質の新規ビーズディスプレイ法の構築とトランスグルタミナーゼアッセイへの応用. 日本農芸化学会中部支部 第171回例会 (2014)
  7. 太田 英里, 朱 博, 二宮 涼子, 兒島 孝明, 中野 秀雄:ビーズディスプレイ法を用いたマンガンペルオキシダーゼのハイスループットスクリーニング方法の開発. 日本生物工学会66回大会(2014)
  8. B. ZHU, T. MIZOGUCHI, T. KOJIMA, Y. IWASAKI, H. NAKANO:Cell-free synthesis of horseradish peroxidase and single-chain lambda Cro repressor fusion protein for bead display-based high-throughput screening. 日本生物工学会66回大会(2014)
  9. M. MURZABAEV, T. KOJIMA, I. KOBAYASHI, H. NAKANO:A simple flow-focusing device for high-throughput applications in emulsion. 日本生物工学会66回大会,(2014)
  10. B. Zhu, T. Mizoguchi, T. Kojima, Y. Iwasaki and H. Nakano. Cell-free Synthesis of Horseradish Peroxidase and Single-chain Lambda Cro Repressor Fusion Protein for Bead Display-based High-throughput Screening.The 7th International Congress on Biocatalysis 2014. August, 2014. Hamburg, Germany.
  11. B. Zhu, T. Mizoguchi, T.i Kojima, and H. Nakano. Cell-free Synthesis of Horseradish Peroxidase and Single-chain Lambda Cro Repressor Fusion Protein for Bead Display-based High-throughput Screening. 71st Semi-annual Meeting of the Japanese Society of Enzyme Engineering, April 2014, Fukuoka
  12. 太田 英里, 朱 博, 二宮 涼子, 兒島 孝明, 中野 秀雄:ビーズディスプレイ法を用いたマンガンペルオキシダーゼの酵素機能改変技術の構築。 生物工学若手研究者の集い(若手会) 夏のセミナー(2014)

B01 公募研究 清尾康志班

  1. 飯島良紘, 竹下玲央, 大野健太郎, 金森功吏, 正木慶昭, 関根光雄, 清尾康志: 光分解性保護基を有するデオキシシュードウリジンの合成と性質 第95日本化学会春季年会(2015)
  2. 大野 百合惠, 大野 健太郎, 金森功吏, 正木慶昭, 大窪章寛, 関根光雄, 清尾康志: 光分解性保護基を有する核酸の合成および性質評価 第16回日本RNA学会(2014)

C01 計画研究 荒木通啓班

  1. 荒木通啓, 牧口大旭, 小川哲平, 近藤昭彦: 代謝シミュレーション基盤を利用した網羅的メタボローム推定, 日本薬学会第135回年会 (2015).
  2. 荒木通啓: バイオ生産プロセスの効率化に向けた情報解析アプローチの紹 介, 長瀬産業セミナー (2015).
  3. 原清敬, 望月正雄,蓮沼誠久,中津井雅彦,荒木通啓,近藤昭彦: MALDI-TOF/MSを用いた発現タンパク質プロファイル測定方法の開発, 第9回日本ゲノム微生物学会年会 (2015)
  4. T. Ogawa, H. Makiguchi, RS. Cox III, M. Nakatsui, A. Kondo, T. Taniguchi, K. Miyaoku, M. Araki: M-path: Construction of a Database for Expanded Metabolic Pathways, Active Enzyme Molecule 2014 (2014).
  5. RS. Cox III, M. Nakatsui, H. Makiguchi, T. Ogawa, A. Kondo, M. Araki: Meta-synthetic metabolism: in silico design of novel amino acids from all-organism data, GIW ISCB-ASIA 2014 (2014).
  6. 荒木通啓: 代謝設計基盤(M-path)によるバイオ合成スコープの拡張, 合成生物工学シンポジウム (2014).
  7. 中津井雅彦, 荒木通啓, 近藤昭彦: 遺伝子発現における時系列データ・制御様式の整合性評価, 第37回分子生物学会 (2014).
  8. 牧口大旭, 小川哲平, 中津井雅彦, Cox III, RS., 近藤昭彦, 谷口岳志, 宮奥康平, 荒木通啓: M-path: 拡張代謝パスウェイデータベースの構築, 第37回分子生物学会 (2014).
  9. 小川哲平, 牧口大旭, 谷口岳志, 宮奥康平, 中津井雅彦, Cox III, RS., 近藤昭彦, 荒木通啓: バイオプロセス合成経路データベース"M-path"の構築, 第3回生命医薬情報学連合大会 (2014).
  10. 中津井雅彦, 荒木通啓, 近藤昭彦: 時系列データを利用した遺伝子制御ネットワーク選択手法の開発, 第3回生命医薬情報学連合大会 (2014).
  11. M. Araki: Computational platform for designing synthetic metabolic pathways, 7th International Congress on Biocatalysis (2014).
  12. RS. Cox III, M. Nakatsui, T. Ogawa, H. Makiguchi, A. Kondo, M. Araki: Mpath: Computationally-Aided Design of Synthetic Metabolic Pathways, DNA20 (2014).
  13. RS. Cox III, M. Nakatsui, T. Ogawa, H. Makiguchi, A. Kondo, M. Araki: Mpath: Computationally-Aided Design of Synthetic Metabolic Pathways, SEED2014 (2014).
  14. M. Araki, RS. Cox III, T. Ogawa, H. Makiguchi, T. Taniguchi, K. Miyaoku, M. Nakatsui, A. Kondo: A Computational Method to Construct an Extensive Metabolic Pathway Database, Metabolic Engineering X (2014).
  15. M. Araki: Expanding the Scope of Metabolic Pathway In Silico, 東京工業大学・地球生命研究所セミナー (2014).
  16. 荒木通啓: 代謝パスウェイの知識拡張, 第1回合成生物研究部会 (2014).
  17. 荒木通啓: 代謝パスウェイ情報の抽象化と具体化, 酵素工学研究会第70回講演会 (2013).
  18. 牧口大旭, 小川哲平, 中津井雅彦, Cox III, RS., 近藤昭彦, 荒木通啓: Bioprocess design platform : Development of the bioprocess database of amino acids, 第36回分子生物学会 (2013).
  19. 中津井雅彦, 牧口大旭, 荒木通啓, 近藤昭彦: 細胞内ダイナミクス解析ツールの設計・開発,「細胞を創る」研究会6.0 (2013).
  20. RS. Cox III, M. Nakatsui, T. Ogawa, H. Makiguchi, A. Kondo, M. Araki: Meta-synthetic metabolism: Identification of critical intermediates for synthetic amino acid derivative production, CBI学会 2013年大会 (2013).
  21. M. Araki: Construction of a computational platform for metabolic pathway design, CBI学会 2013年大会 (2013).
  22. M. Araki: A Knowledge-Based Approach for Metabolic Pathway Design, Enzyme Engineering XXII (2013).
  23. 荒木通啓: 代謝パスウェイデータベースからの知識抽出, 第65回生物工学会大会 (2013).
  24. 荒木通啓: インフォマティクスを糸口とした合成生物工学の展開, 生物工学会東日本支部生物工学フォーラム (2013).
  25. 荒木通啓: 代謝パスウェイ知識の拡張に向けた情報解析技術の開発, 第14回富山県立大学生物工学研究センターセミナー (2013).
  26. 荒木通啓, 牧口大旭, 小川哲平, 谷口岳志, 宮奥康平: 生合成パスウェイの設計基盤構築, 日本薬学会第133回年会 (2013).
  27. 牧口大旭, 小川哲平, 谷口岳志, 宮奥康平 , 荒木通啓: Development of a computational tool for designing metabolic pathways, 第35回日本分子生物学会 (2012).
  28. 荒木通啓: 多様な代謝パスウェイの In silico デザイン 第2回代謝工学研究部会 (2012).
  29. 荒木通啓: 代謝設計基盤のポテンシャル, 「細胞を創る」研究会5.0 (2012).
  30. 荒木通啓, 谷口岳志, 宮奥康平: 生合成パスウェイ設計のための情報解析技術の開発 第64回日本生物工学会 (2012).
  31. 谷口岳志, 宮奥康平 , 牧口大旭, 荒木通啓: 生合成パスウェイ設計のための基盤ツールの開発, 第64回日本生物工学会 (2012).
  32. M. Araki, T. Taniguchi, K. Miyaoku, K, H. Makiguchi: A Computational Platform for Designing Natural Products, INCOB2012, P66 (2012).
  33. M. Araki, T. Taniguchi, K. Miyaoku, K: A Computational Method for Exploring Extensive Biosynthetic Pathways, Metabolic Engineering IX, P46 (2012).

C01 計画研究 松野浩嗣班

  1. M. Sugii, K. Kawano, H. Matsuno, Extenstion of genetic toggle swith with a mathematical analysis for artificial genetic circuits, German Conference on Bioinformatics 2014, poster abstracts No.51, (2014)
  2. K. Mitani, H. Matsuno, A. Faure, Circuit functionality analysis in a gene regulatory network using GINsim, The 29th International Technical Conference on Circuit/Systems Computers and Communications (ITC-CSCC), pp.834-837, (2014)
  3. M. Sugii, K. Kawano, A. Faure, H. Matsuno, A Mathematical Analysis of the Behavior of Genetic Toggle Switch, The 29th International Technical Conference on Circuit/Systems Computers and Communications (ITC-CSCC), pp.845-848, (2014)
  4. M. Sugii, A. Faure, H. Matsuno, Extension of genetic toggle switch based on the effective search of state transitions, Proc. International Conference on Artificial Life and Robotics 2014, OS7-62, in CD-ROM, (2014)
  5. Z. Tian, A. Faure, H. Mori, H. Matsuno: Systematic understanding of switch mechanism on carbohydrate supply in E.coli, The 13th International Conference on Systems Biology, poster abstract, No.187B, 104 (2012)

C01 計画研究 伊藤浩史班

  1. H. Ito: Cyanobacterial circadian rhythms are nullified under low temperature conditions via Hopf bifurcation", International Symposium on Artificial Life and Robotics (2013).
  2. H. Ito: Cyanobacterial circadian rhythms are nullified under low temperature conditions via Hopf bifurcation", The First Annual Winter q-bio Meeting (2013).

C01 公募研究 倉田博之

  1. A.B.M. Shamim Ul Hasan, Hiroyuki Kurata, Stochastic Simulation of Dynamical Behavior in Gene Regulatory Network Automatic construction of calculable metabolic networks from public database. Proceedings of The Third BMIRC International Symposium for VirtualPhysiological Human, 34, Iizuka, March 5-6, 2015.
  2. A.B.M. Shamim Ul Hasan, Hiroyuki Kurata, A Study of Genetic Noise in Biochemical Network. Proceedings of GIW/InCoB, Tokyo, Sep 9-11, 2014.

C01 公募研究 矢田哲士

  1. Tetsushi Yada, Takuma Irie, Takeaki Taniguchi, Yutaka Suzuki: Next generation sequencing data and its bioinformatics analysis dissect genomic regulatory elements, International Symposium on Genome Science 2015, Jan 20-21, Tokyo, Japan.
  2. 入江拓磨, 門城拓, 劉エイ, 関真秀, 菅野純夫, 矢田哲士, 鈴木穰: 次世代シークエンサーによる変異プロモーターの網羅的解析, 第37回日本分子生物学会年会, 2014年11月25-27日, 横浜, 日本.
  3. 矢田哲士: ゲノム大規模データを解析する−転写制御領域の解読と設計−, 新生命科学分野開拓とスーパーコンピューター「京」, 2014年9月16日, 福岡,日本.

C01 公募研究 内田誠一

  1. 内田誠一:画像情報学の現状とバイオイメージ・インフォマティクス,第6回バイオメディカルインタフェースワークショップ(2015)
  2. 山口 遼, 深澤大我, 渡辺英治, 内田誠一:対象の重なりを許容した大局的最適な多物体同時追跡,電子情報通信学会パターン認識・メディア理解研究会(2015)
  3. 徳永 誠, 深澤大我, Volkmar Frinken, フォン ヤオカイ, 内田誠一:非マルコフ制約を導入した多物体追跡,電子情報通信学会パターン認識・メディア理解研究会(2015)
  4. 内田誠一:バイオイメージ・インフォマティクスに関する「協働」研究の状況報告,第7回定量生物学の会年会(2015)
  5. 内田誠一: (招待講演)画像情報学研究の実例と今後予想される動向について,自然科学研究機構新分野創成センターシンポジウム 「生命現象を全体として理解する新しい科学の創成」(2015)
  6. 廣瀬 陽, 岡田二郎, 藤崎顕彰, 内田誠一:チゴガニのウェービング行動に対するイミダクロプリドの影響,環境ホルモン学会第17回研究発表会(2014)
  7. 内田誠一:(招待講演)画像情報学と生物学の協働に向けて~バイオイメージ・インフォマティクス,先進的描画装置を用いた可視化表現法の研究会(2014)
  8. 内田誠一:(招待講演)バイオイメージ解析のための画像情報学および最適化,日本生化学会北海道支部講演会 (2014)
  9. 亀津達也, 山口 遼, フォンヤオカイ, 内田誠一:バイオイメージインフォマティクスのための動き解析の検討,電気関係学会九州支部連合大会 (2014)
  10. 野口将之, 濱野あゆみ, 堺 優花, 花井泰三, 内田誠一:顕微鏡画像中の大腸菌セグメンテーションに関する試み,電気関係学会九州支部連合大会 (2014)

学術論文・総説・解説・著作等

A01 計画研究 花井泰三班

  1. Y. Soma, T. Hanai: Self-induced Metabolic State Switching by a Tunable Cell Density Sensor for Microbial Isopropanol Production, Metabolic Engineering, doi:10.1016/j.ymben.2015.04.005, (2015).
  2. H. Honjo, K. Tsuruno, T. Tatsuke, M. Sato, T. Hanai: Dual synthetic pathway for 3-hydroxypropionic acid production in engineered Escherichia coli, J. Biosci. Bioeng. doi:10.1016/j.jbiosc.2014.12.023, (2015).
  3. H. Ohtsuka, M. Ishida, C Naito, H.Murakami and H. Aiba: Sexual development of Schizosaccharomyces pombe is induced by zinc or iron limitation through Ecl1 family genes. Mol. Genet. Genomics 290(1), 173-185 (2015).
  4. Y. Soma, K. Tsuruno, A. Yokota, T. Hanai: Metabolic flux redirection from a central metabolic pathway toward a synthetic pathway using a metabolic toggle switch, Metabolic Engineering, 23, 175-184 (2014).
  5. 鶴野圭悟,広川安孝,花井泰三:合成代謝経路を導入した大腸菌およびシアノバクテリアによるイソプロパノール生産,日本エネルギー学会誌,93,7,586-593 (2014).
  6. K. Iwamoto, H. Hamada, Y. Eguchi, M. Okamoto: Stochasticity of Intranuclear Biochemical Reaction Processes Controls the Final Decision of Cell Fate Associated with DNA Damage, PLOS ONE, 9, e101333 (2014).
  7. C. Naito, H. Ito, T. Oshiro, H. Ohtsuka, H. Murakami and H. Aiba: A new pma1 mutation identified in a chronologically long-lived fission yeast mutant. FEBS Open Bio 4, 829-833 (2014).
  8. K. Murakami-Y. Tonami, H. Ohtsuka, H. Aiba and H. Murakami: Regulation of wee1+ expression during meiosis in fission yeast. Cell Cycle 13:18, 2853-2858 (2014).
  9. T. Shimasaki, H. Ohtsuka, C. Naito, H. Murakami and H. Aiba: Ecl1 is activated by the transcription factor Atf1 in response to H2O2 stress in Schizosaccharomyces pombe. Mol. Genet. Genomics 289(4), 685-693 (2014).
  10. H. Ohtsuka, S. Ogawa, H. Kawamura, E. Sakai, K. Ichinose, H. Murakami and H. Aiba: Screening for long-lived genes identifies Oga1, a guanine-quadruplex associated protein that affects the chronological lifespan of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. Mol. Genet. Genomics 288(5), 285-295 (2013).
  11. K. Takuma, H. Ohtsuka, K. Azuma, H. Murakami and H. Aiba: The fission yeast php2 mutant displays a lengthened chronological lifespan. Biosci. Biotech. Biochem. 77(7), 1548-1555 (2013).
  12. A. Komori, Y. Maki, I. Ono, M. Okamoto: How to infer the interactive large scale regulatory network in ‘omic’ studies, Procedia Computer Science 23, 44-52 (2013).
  13. 鶴野圭吾,花井泰三:リサイクルバイオテクノロジーの最前線,植田充美 監修,バイオマスからのC3アルコール生産,シーエムシー出版, 東京, p.34-41 (2012).
  14. 猪熊健太郎,花井泰三:合成代謝経路を導入した大腸菌によるイソプロパノール生産,化学と生物,50,2,79-80 (2012).
  15. 花井泰三:合成代謝経路によるバイオアルコール生産,植田充美 監修,合成生物工学の隆起,シーエムシー出版, 東京, p.91-95 (2012).
  16. A. Komori, Y. Maki, M. Nakatsui, I. Ono, M. Okamoto: Efficient numerical optimization algorithm based on new real-coded genetic algorithm, AREX+JGG, and application to the inverse problem in systems biology, Appl. Math, 3, 1463-1470 (2012).
  17. H. Ohtsuka, K. Azuma, S. Kubota, H. Murakami, Y. Giga-Hama, H. Tohda, H. Aiba: Chronological lifespan extension by Ecl1 family proteins depends on Prr1 response regulator in fission yeast, Genes to Cells, 17, 39-52 (2012).
  18. H. Murakami, H. Aiba: Another way to induce synchronous meiosis, Cell Cycle, 11, 1874-1875 (2012).
  19. K. Azuma, H. Ohtsuka, H. Murakami, H. Aiba: Extension of chronological lifespan by ScEcl1 depends on mitochondria in Saccharomyces cerevisiae, Biosci. Biotech. Biochem, 76, 1938-1942 (2012).
  20. 饗場浩文, 大塚北斗: 分裂酵母を用いた経時寿命制御因子の探索と機能解析, 化学と生物, 50, 337-344 (2012).

A01 計画研究 田川陽一班

  1. Ahn. S, M. Tamai, K. Nakashima, M. Ito, T. Suzuki, and Y. Tagawa: An in vitro liver model consisting of endothelial vascular networks surrounded by human hepatoma cell lines allows for improved hepatitis B virus replication. J. Biosci. Bioeng. 118:107-111, 2014.
  2. Aratsu. F, I. Harada, S. Yoshimura, C.-S. Cho, T. Akaike, and Y. Tagawa: Dynamic chemotactic response of fibroblasts to local stimulation using EGF-immobilized microbeads. Biomaterials 35:2471-2476, 2014
  3. H. Aikawa, M. Tamai, K. Mitamura, F. Itmainati, G. Barber, and *Y. Tagawa: Innate immunity in an in vitro murine blastocyst model using embryonic and trophoblast stem cells. J. Biosci. Bioeng. 117:358-365, 2014
  4. Shang. Y, M. Tamai, R. Ishii, N. Nagaoka, Y. Yoshida, M. Ogasawara, J. Yang, and *Y. Tagawa: A hybrid sponge comprised of galactosylated chitosan and hyaluronic acid mediates the co-culture of hepatocytes and endothelial cells, J. Biosci. Bioeng. 117:99-106, 2014
  5. 玉井美保、小池亨、田川陽一:肝組織構築における培養条件の設定とシステム開発:動物細胞の培養を成功させる条件設定集、、≪最新≫動物細胞培養の手法と細胞死・増殖不良・細胞変異を防止する技術、技術情報協会(2014), (総ページ数:584)
  6. 今松 伸介, 安 成晧, 馬場 憲三, 岡崎 宏悟, 田川 陽一:霊長類ES/iPS細胞の凍結保存・輸送・解凍、≪最新≫動物細胞培養の手法と細胞死・増殖不良・細胞変異を防止する技術、㈱技術情報協会(2014),pp.504-508(総ページ数:584)
  7. 馬場憲三、今松伸介、安 成晧、田川陽一:再生医療用保存液の開発 「再生医療の細胞培養技術と産業展開」(52名) シーエムシー出版(2014) pp.90-101(総ページ315)
  8. M. Tamai, M. Aoki, A. Nishimura, K. Morishita, and *Y. Tagawa: In vitro recapitulation of the urea cycle using murine embryonic ste cell-derived in vitro liver model. Amino Acids.45:1343-51, 2013
  9. M. Tamai, E. Adachi, and *Y. Tagawa: Characterization of a liver organoid tissue composed of hepatocytes and fibroblast in dense collage fibrils, Tissue Engineering part A. 19:2527-2535, 2013
  10. Ryu Je-Young, A. Siswanto, K. Harimoto, and *Y. Tagawa: Chimeric analysis of EGFP and DsRed2 transgenic mice demonstrates polyclonal maintenance of pancreatic acini, Transgenic Res, 22, 549-556 (2013).
  11. Y. Tagawa: Developmental Engineering, Regenerative Medicine Technology, and Synthetic Biology (2013).
  12. 今松伸介、安 成晧、馬場憲三、岡崎宏悟、田川陽一:霊長類ES/iPS細胞の凍結保存・輸送・解凍、「再生医療への事業参入」、技術情報協会、(2013) p.129-132
  13. 今松伸介、安 成晧、馬場憲三、岡崎宏悟、田川陽一:霊長類ES/iPS細胞の凍結保存・輸送・解凍、「再生医療・細胞培養の開発と市場」、シーエムシー出版、 (2013) p.89-96(総ページ:258)
  14. Haque A, X-S. Yue, A. Motazedian, Y. Tagawa, and T. Akaike: Characterization and neural differentiation of mouse embryonic and induced pluripotent stem cells on cadherin-base substrata, Biomaterials, 33, 5094-5106 (2012).
  15. K. Harimoto, Y. Yoshida, K. Yoshihara, N. Nagaoka, T. Matsumoto, and *Y. Tagawa: Osteoblast compatibility of materials depends on serum protein absorbability in osteogenesis, Dent Mater J, 31, 674-680 (2012).
  16. Y. Toyoda, M. Tamai, K. Kashikura, S. Kobayashi, Y. Fujiyama, T. Soga, and *Y. Tagawa: Acetoaminophen-induced hepatotoxicity in a liver tissue model consisting of primary hepatocytes assembling around an endothelial cell network, Drug Metab. Dispos, 40, 169-177 (2012).
  17. 田川陽一編: 創立90周年記念特別企画 特集「こんな研究にもES細胞やiPS細胞が役に立つ-ノックアウトマウス、再生医療、毒性試験だけではない-」, 生物工学会誌, 90, 546-561 (2012).
  18. 玉井美保, 田川陽一: マウスES/iPS細胞を用いたin vitro肝器官形成システムとそのミトコンドリア機能変化の解析, 生物工学会誌, 90, 560-561 (2012).
  19. 三田村圭祐, 田川陽一: RNaseの豊富な組織からのRNA抽出のコツ, 実験医学, 30, 2641-2647 (2012).

A01 計画研究 柘植謙爾班

  1. Itaya. M, Kaneko. S, and Tsuge. K, Chapter 4 Efficient and accurate production of de novo designed large-size gene clusters by a novel Bacillus subtilis-based system. In Microbial Production, Anazawa, H., and Shimizu, S. eds. Springer (2014)
  2. 板谷光泰、柘植謙爾 長鎖DNAの合成と合成生物工学での活用 日本生物工学会誌 91巻、319-321(2013)
  3. S-K. Chen, W-C. Chin, K. Tsuge, C.C. Huang, S-Y. Li: Fermentation approach for enhancing 1-butanol production using engineered butanologenic Escherichia coli, Bioresour. Technol, 145, 204-209 (2013)
  4. Hiroe, K. Tsuge, C.T. Nomura, M. Itaya, T. Tsuge: Rearrangement of gene order in the phaCAB operon leads to effective production of ultrahigh-molecular-weight poly[(R)-3-hydroxybutyrate] in genetically engineered Escherichia coli, Appl. Environ. Microbiol, 78, 3177-3184 (2012).
  5. Itaya. M, and Tsuge. K, Chapter 9 Genome integrity, instability and construction In Escherichia coli and Bacillus subtilis; the frontiers of molecular microbiology revisited, Sadaie, Y, and Matsumoto, K. eds. Research Signpost (2012)

A01 公募研究 鈴木石根班

  1. T. Kotajima, Y. Shiraiwa, I. Suzuki: Functional analysis of the N-terminal region of an essential histidine kinase, Hik2, in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803. FEMS Microbiol Lett. (2014) 351(1):88-94
  2. 志村遥平, 鈴木石根: シアノバクテリアのヒスチジンキナーゼのキメラタンパク質の作製と機能解析への応用, 日本植物生理学会年会要旨集, 54, 100 (2013).

01 公募研究 朝井計班

  1. H. Inoue, D. Suzuki, K. Asai: A putative bactoprenol glycosyltransferase, CsbB, in Bacillus subtilis activates SigM in the absence of co-transcribed YfhO, Biochem. Biophys. Res. Commun, 436, 6-11 (2013).
  2. M. Hashimoto, T. Seki, S. Matsuoka, H. Hara, K. Asai, Y. Sadaie, K. Matsumoto: Induction of extracytoplasmic function sigma factors in Bacillus subtilis cells with defects in lipoteichoic acid synthesis, Microbiology, 159, 23-35 (2013).

A01 公募研究 古田芳一班

  1. Y. Furuta, H. Namba-Fukuyo, T.F. Shibata, T. Nishiyama, S. Shigenobu, Y. Suzuki, S. Sugano, M. Hasebe, I. Kobayashi. Methylome diversification through changes in DNA methyltransferase sequence specificity. PLoS Genet, 10(4):e1004272 (2014).
  2. K. Miyazono, Y. Furuta, M. Watanabe-Matsui, T. Miyakawa, T. Ito, I. Kobayashi, M. Tanokura. A sequence-specific DNA glycosylase mediates restriction-modification in Pyrococcus abysii. Nat. Commun, 5: 3178 (2014).
  3. K.Yahara, Y. Furuta, K. Oshima, M. Yoshida, T. Azuma, M. Hattori, I. Uchiyama, I. Kobayashi: Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure, Mol. Biol. Evol, 30, 1454-1464 (2013).
  4. Review & Commentary: Furuta Y, Kobayashi I : Restriction-modification systems as mobile epigenetic elements, In: Adam Roberts and Peter Mullany editors, Bacterial Integrative Mobile Genetic Elements, Landes Bioscience, 85-103 (2013).
  5. Y. Furuta, I. Kobayashi: Movement of DNA sequence recognition domains between non-orthologous proteins, Nucleic Acids Res, 40, 9218-9232 (2012).
  6. K. Yahara, M. Kawai, Y. Furuta, N. Takahashi, N. Handa, T. Tsuru, K. Oshima, M. Yoshida, T. Azuma, M. Hattori, I. Uchiyama, I. Kobayashi: Genome-wide survey of mutual homologous recombination in a highly sexual bacterial species, Genome Biol. Evol, 4, 628-640 (2012).
  7. K. Lim, Y. Furuta, I. Kobayashi: Large variations in bacterial ribosomal RNA genes, Mol. Biol. Evol, 29, 2937-2948 (2012).
  8. Y. Furuta, I. Kobayashi: Mobility of DNA sequence recognition domains in DNA methyltransferases suggests epigenetics-driven adaptive evolution, Mobile Genetic Elements, 2, 292-296 (2012).

A01 公募研究 納富拓也班

  1. T. Notomi (Corresponding author), M. Kuno, A. Hiyama, K. Ohura, M. Noda, TM. Skerry, Zinc-induced effects on osteoclastogenesis involves activation of hyperpolarization-activated cyclic nucleotide modulated channels via changes in membrane potential. J Bone Miner Res, 2015, [Epub ahead of print]
  2. T. Yamada, Y. Ezura, T. Hayata, S. Moriya, J. Shirakawa, T. Notomi, S. Aryal, M. Kawasaki, Y. Izu, K. Harada, M. Noda, β2 Adrenergic receptor activation suppresses BMP-induced alkaline phosphatase expression in osteoblast-like MC3T3E1 cells. J Cell Biochem, 2015, [Epub ahead of print]
  3. S. Moriya, T. Hayata, T. Notomi, S. Aryal, T. Nakamoto, Y. Izu, M. Kawasaki, T. Yamada, J. Shirakawa, K. Kaneko, Y. Ezura, M. Noda, PTH regulates β2-adrenergic receptor expression in osteoblast-like MC3T3-E1 cells. J Cell Biochem, 116: 1: 142-8, 2015
  4. T. Notomi (Corresponding author), I. Karasaki, Y. Okazaki, N. Okimoto, Y. Kato, K. Ohura, M. Noda, Toshitaka Nakamura, Masashige Suzuki, Insulinogenic sucrose + amino acid mixture ingestion immediately after resistance exercise has an anabolic effect on bone compared with non-insulinogenic fructose + amino acid mixture in growing rats. Bone, 65: 1: 42-48, 2014
  5. J. Shirakawa, Y. Ezura, S. Moriya, M. Kawasaki, T. Yamada, T. Notomi, T. Nakamoto, T. Hayata, A. Miyawaki, K. Omura, M. Noda, Migration linked to FUCCI-indicated cell cycle is controlled by PTH and mechanical stress. J Cell Physiol , 229: 10: 1353-8, 2014
  6. C. Watanabe, M. Morita, Y. Ezura, T. Nakamoto, T. Hayata, C. Kikuguchi, L. Xue, Y. Kobayashi, N. Takahashi, T. Notomi, K. Moriyama, T. Yamamoto, M. Noda, Stability of mRNA influences osteoporotic bone mass via Cnot3. Proc Natl Acad Sci USA, 111: 7: 2692-7, 2014
  7. 納富拓也(宮村実晴編)、ニュー運動生理学(運動と骨格:骨形態)、真興交易(株)医書出版部、262-270頁、2014
  8. 野田政樹、江面陽一、早田匡芳、守屋秀一、白川純平、Smriti Aryal、納富拓也、渡辺千穂、長尾雅史、羽生亮、“骨研究フロンティア-基礎から臨床まで- 骨形成・骨吸収における関連因子の働き”、日本臨牀, 71, 増刊号2, 161-166, 2013
  9. T. Suzuki, T. Notomi, D. Miyajima, F. Mizoguchi, T. Hayata, T. Nakamoto, R. Hanyu, P. Kamolratanakul, A. Mizuno, M. Suzuki, Y. Ezura, Y. Izumi, M. Noda: Osteoblastic differentiation enhances expression of TRPV4 that is required for calcium oscillation induced by mechanical force, Bone, 54, 172-8 (2013).
  10. A. Smiriti, K. Miyai, Y. Ezura, T. Hayata, T. Notomi, T. Nakamoto, T. Pawson, M. Noda: Nck1 deficiency accelerates unloading-induced bone loss, J. Cell. Physiol, 228, 1397-1403 (2013).
  11. T. Notomi, Y. Ezura, *M. Noda: Identification of two pore channel 2 as a novel regulator of osteoclastogenesis, J. Biol. Chem, 287, 35057-35064 (2012).
  12. D. Miyajima, T. Hayata, T. Suzuki, H. Hemmi, Y. Ezura, T. Nakamoto, T. Notomi, T. Amagasa, R. T. Böttcher, M. Costell, R. Fässler, M. Noda: Profilin1 regulates sternum development and endochondral bone formation, J. Biol. Chem, 287, 33545-33553 (2012).
  13. R. Hanyu, V. L. Wehbi, T. Hayata, S. Moriya, T. N. Feinsteind, Y. Ezura, M. Nagao, Y. Saita, H. Hemmi, T. Notomi, T. Nakamoto, E. Schipani, S. Takeda, K. Kaneko, H. Kurosawa, G. Karsenty, H. M. Kronenberg, J. P. Vilardaga, M. Noda: Anabolic action of parathyroid hormone regulated by the beta2-adrenergic receptor, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 109, 7433-7438 (2012).
  14. T. Sakuma, T. Nakamoto, H. Hemmi, S. Kitazaw, R. Kitazawa, T. Notomi, T. Hayata, Y. Ezura, T. Amagasa, M. Noda: CIZ/NMP4 is expressed in B16 melanoma and forms a positive feedback loop with RANKL to promote migration of the melanoma cells, J. Cell. Physiol, 227, 2807-2812 (2012).
  15. 野田政樹、江面陽一、早田匡芳、納富拓也、中元哲也、渡辺千穂、Smriti Aryal、骨のメカノバイオロジー、細胞工学, 31, 1030-1032, 2012
  16. 野田政樹、江面陽一、早田匡芳、中元哲也、納富拓也、佐久間明美、宮嶋大輔、鈴木允文、メカニカルストレスによる骨量の制御について、THE BONE, 26, 2012-2014, 2012

A01 公募研究 野村渉班

  1. 野村 渉: 人工酵素によるゲノム編集工学とその応用,可能性, 薬学雑誌, 135, 405-414 (2015).
  2. 野村 渉, 玉村啓和: ターゲットタンパク質を特異的に認識するプローブ, 化学工業, 65, 8-14 (2014).
  3. N. Ohashi, W. Nomura, N. Minato, H. Tamamura: Screening for Protein Kinase C Ligands Using Fluorescence Resonance Energy Transfer, Chem. Pharm. Bull, 62, 1019-1025 (2014).
  4. J. Yamamoto, N. Maeda, C. Komiya, T. Tanaka, M. Denda, K. Ebisuno, W. Nomura, H. Tamamura, Y. Sato, A. Yamauchi, A. Shigenaga, A. Otaka: Development of a Fluoride-responsive Amide Bond Cleavage Device that is Potentially Applicable to a Traceable Linker, Tetrahedron, 70, 5122-5127 (2014).
  5. H. Takano, T. Narumi, N. Ohashi, A. Suzuki, T. Furuta, W. Nomura, H. Tamamura: Development of the 8-Aza-3-bromo-7-hydroxycoumarin-4-ylmethyl Group as a New Entry of Photolabile Protecting Groups, Tetrahedron, 70, 4400-4404 (2014)
  6. J. Yamamoto, M. Denda, N. Maeda, M. Kita, C. Komiya, T. Tanaka, W. Nomura, H. Tamamura, Y. Sato, A. Yamauchi, A. Shigenaga, A. Otaka, Development of a Traceable Linker Containing a Thiol-responsive Amino Acid for the Enrichment and Selective Labelling of Target Proteins, Org. Biomol. Chem, 12, 3821-3826 (2014).
  7. N. Ohashi, W. Nomura, T. Narumi, H. Tamamura, Peptide-Based Ligand Screening and Function Analysis of Protein Kinase C, Biopolymers (Pept. Sci.), 100, 613-620 (2013).
  8. C. Hashimoto, T. Narumi, H. Otsuki, Y. Hirota, H. Arai, K. Yoshimura, S. Harada, N. Ohashi, W. Nomura, T. Miura, T. Igarashi, S. Matsushita, H. Tamamura, A CD4 Mimic as an HIV Entry Inhibitor: Pharmacokinetics, Bioorg. Med. Chem, 21, 7884-7889 (2013).
  9. C. Hashimoto, W. Nomura, T. Narumi, M. Fujino, T. Nakahara, N. Yamamoto, T. Murakami, H. Tamamura, CXCR4-derived synthetic peptides inducing anti-HIV-1 antibodies, Bioorg. Med. Chem, 21, 6878-6885 (2013).
  10. C. Hashimoto, W. Nomura, T. Narumi, M. Fujino, H. Tsutsumi, M. Haseyama, N. Yamamoto, T. Murakami, H. Tamamura, Anti-HIV-1 Peptide Derivatives Based on the HIV-1 Co-receptor CXCR4, ChemMedChem, 8, 1668-1672 (2013).
  11. W. Nomura, H. Aikawa, N. Ohashi, E. Urano, M. Métifiot, M. Fujino, K. Maddali, T. Ozaki, A. Nozue, T. Narumi, C. Hashimoto, T. Tanaka, Y. Pommier, N. Yamamoto, JA. Komano, T. Murakami, H. Tamamura, Cell-Permeable Stapled Peptides Based on HIV-1 Integrase Inhibitors Derived from HIV-1 Gene Products, ACS Chem. Biol, 8, 2235-2244 (2013).
  12. W. Nomura, C. Hashimoto, T. Suzuki, N. Ohashi, M. Fujino, T. Murakami, N. Yamomoto, H. Tamamura, Multimerized CHR-Derived Peptides as HIV-1 Fusion Inhibitors, Bioorg. Med. Chem, 21, 4452-4458 (2013).
  13. T. Narumi, H. Arai, K. Yoshimura, S. Harada, Y. Hirota, N. Ohashi, C. Hashimoto, W. Nomura, S. Matsushita, H. Tamamura: CD4 Mimics as HIV Entry Inhibitors: Lead Optimization Studies of the Aromatic Substituents, Bioorg. Med. Chem, 21, 2518-2526 (2013).
  14. T. Narumi, H. Aikawa, T. Tanaka, C. Hashimoto, N. Ohashi, W. Nomura, T. Kobayakawa, H. Takano, Y. Hirota, T. Murakami, N. Yamamoto, H. Tamamura: Low Molecular Weight CXCR4 Ligands with Variable Spacers, ChemMedChem, 8, 118-124 (2013).
  15. T. Narumi, T. Tanaka, C. Hashimoto, W. Nomura, H. Aikawa, A. Sohma, K. Itotani, M. Kawamata, T. Murakami, N. Yamamoto, H. Tamamura: Pharmacophore-Based Small Molecule CXCR4 Ligands, Bioorg. Med. Chem. Lett, 22, 4169-4172 (2012).
  16. 野村渉, 田中智博, 相川春夫, 玉村啓和: 多価結合型GPCRリガンドの合成とがん細胞イメージングへの応用, 最新ペプチド合成技術とその創薬研究への応用, 267-273 (2012)
  17. 野村渉, 田中智博, 玉村啓和: HIV阻害剤・腫瘍認識プローブとしてのケモカイン受容体リガンド, ペプチド医薬の最前線, 101-107 (2012)

A01 公募研究 今西未来班

  1. 今西未来:体内時計の人工制御:リズム治療への挑戦,化学工業(化学工業社),64, 64-69 (2014)
  2. M. Tsuji, S. Futaki, M. Imanishi: Creating a TALE protein with unbiased 5’-T binding, Biochem. Biophys. Res. Commun, 441, 262-265 (2013).
  3. M. Imanishi, K. Yamamoto, H. Yamada, Y. Hirose, H. Okamura, S. Futaki: Construction of a rhythm transfer system that mimics the cellular clock, ACS Chem. Biol, 7, 1817-1821 (2012).
  4. M. Imanishi: Design of artificial DNA binding proteins toward control and elucidation of cellular functions, Yakugaku Zasshi, 132, 1431-1436 (2012).

A01 公募研究 上平正道班

  1. A. Ono, A. Ito, T. Suzuki, M. Yamaguchi, Y. Kawabe, M. Kamihira: DNA damage-responsive transgene expression mediated by the p53 promoter with transcriptional amplification, J. Biosci. Bioeng, doi: 10.1016/j.jbiosc.2015.02.009 (2015).
  2. M. Yamaguchi, A. Ito, A. Ono, K. Yoshinori, M. Kamihira: Heat-inducible gene expression system by applying alternating magnetic field to magnetic nanoparticles, ACS Synth. Biol, 3, 273-279 (2014).
  3. S. Huang, M. Kamihira: Development of hybrid viral vectors for gene therapy, Biotechnol. Adv, 31, 208-223 (2013).
  4. M. Yamaguchi, A. Ito, N. Okamoto, Y. Kawabe, M. Kamihira: Heat-inducible transgene expression system incorporating a positive feedback loop of transcriptional amplification for hyperthermia-induced gene therapy, J. Biosci. Bioeng, 114, 460-465 (2012).
  5. A. Ito, N. Okamoto, M. Yamaguchi, Y. Kawabe, M. Kamihira: Heat-inducible transgene expression with transcriptional amplification mediated by a transactivator, Int. J. Hyperthermia, 28, 788-798 (2012).

A01 公募研究 末次正幸班

  1. Su'etsugu M, Harada Y, Keyamura K, Matsunaga C, Kasho K, Abe Y, Ueda T. and Katayama T. DnaA N-terminal domain interacts with Hda to facilitate replicase clamp-mediated inactivation of DnaA. Environ. Microbiol, 15, 3183-3195 (2013).
  2. Katayama T. and Su'etsugu M. Chromosome replication in E.coli and B.subtilis. Escherichia coli and Bacillus subtilis; the frontiers of molecular microbiology revisited, chapter 3-1, Research Signpost, 29-43 (2012)

A01 公募研究 宮崎健太郎班

  1. 宮崎健太郎、佃美雪、佐藤允治(2014)「16S rRNA遺伝子の「水平伝播」― 異種16S rRNAによる遺伝的相補」化学と生物 52(2):70-72.
  2. Nakashima N, Miyazaki K (2014) Bacterial cellular engineering by genome editing and gene silencing. Int J Mol Sci 15(2):2773-2793.
  3. Komori H, Sugiyama R, Kataoka K, Miyazaki K, Higuchi Y, Sakurai T (2014) New insights into the catalytic active-site structure of multicopper oxidases. Acta Crystallogr Sect D 70(3):772-779.
  4. Tsujimura S, Asahi M, Goda-Tsutsumi M, Shirai O, Kano K, Miyazaki K (2013) Direct electron transfer of a metagenome-derived laccase fused to affinity tags near the electroactive copper site. Phys Chem Chem Phys 15(47):20585-20589.
  5. Uchiyama T, Miyazaki K (2013) Metagenomic screening for aromatic compound-responsive transcriptional regulators. PLoS One 8(9):e75795.
  6. Tsukuda M, Miyazaki K (2013) Directed evolution study unveiling key sequence factors that affect translation efficiency in Escherichia coli. J Biosci Bioeng 116(5):540-545.
  7. Tsukuda M, Miyazaki K (2013) DNA fragmentation caused by an overdose of Zeocin. J Biosci Bioeng 116(5):644-646.
  8. Uchiyama T, Miyazaki K, Yaoi K (2013) Characterization of a novel β-glucosidase from a compost microbial metagenome with strong transglycosylation activity. J Biol Chem 288(25):18325-18334.
  9. Engel K, Ashby D, Brady SF, Cowan DA, Doemer J, Edwards EA, Fiebig K, Martens EC, McCormac D, Mead DA, Miyazaki K, Moreno-Hagelsieb G, O'Gara F, Reid A, Rose DR, Simonet P, Sjöling S, Smalla K, Streit WR, Tedman-Jones J, Valla S, Wellington EMH, Wu C-C, Liles MR, Neufeld JD, Sessitsch A, Charles TC (2013) Meeting Report: 1st International Functional Metagenomics Workshop May 7–8, 2012, St. Jacobs, Ontario, Canada. Stand Genomic Sci 8(1):106-111
  10. 宮崎健太郎(2013)「生物種を超えた16S rRNA遺伝子の機能相補性の解明」 進化分子工学 ~高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発~(エヌ・ティー・エス)
  11. D. Verma, Y. Kawarabayasi, K. Miyazaki, T. Satyanarayana: Cloning, expression and characteristics of a novel alkalistable and thermostable xylanase encoding gene (Mxyl) retrieved from compost-soil metagenome, PLoS One, 8, e52459 (2013).
  12. K. Kitahara, *K. Miyazaki: Revisiting bacterial phylogeny: Natural and experimental evidence for horizontal gene transfer of 16S rRNA, Mob Genet Elements, 3, (2013).
  13. 宮崎健太郎:「リボソームに翻訳以外の機能を発見:16S rRNA ヘリックス41によるリボヌクレアーゼT2の阻害」, 産総研TODAY, 12, 20 (2012).
  14. 宮崎健太郎:「リボソームに翻訳以外の機能がある-リボヌクレアーゼ作用阻害, 生体の科学, 医学書院, 63(5), 356-357 (2012).
  15. K. Kitahara, Y. Yasutake, *K. Miyazaki: Mutational robustness of 16S ribosomal RNA, shown by experimental horizontal gene transfer in Escherichia coli, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 109, 19220-199225 (2012).

A01 公募研究 磯村彰宏

  1. A Isomura, R Kageyama: Ultradian oscillations and pulses: coordinating cellular responses and cell fate decisions, Development, 141, 3627-3636, (2014).

B01 計画研究 木賀大介班

  1. S. Ohuchi, F. Sagawa, H. Ohno, and T. Inoue : A purification method for a molecular complex in which a scaffold molecule is fully loaded with heterogeneous molecules. PLoS ONE, 10: e0120576 (2015) .
  2. 井川善也: 集積ナノ構造と生体分子デバイス構築に向けたモジュール型RNAの人工改変, ファルマシア (日本薬学会会誌), 51, 42-46 (2015).
  3. K Ishimatsu, T Hata , A Mochizuki, R Sekine, M Yamamura, and *D Kiga, “General Applicability of Synthetic Gene-Overexpression for Cell-Type Ratio Control via Reprogramming”. ACS Synth. Biol, 3, 638–644 (2014).
  4. K Amikura, Y Sakai, S Asami, and * Kiga, “Multiple Amino Acid-Excluded Genetic Codes for Protein Engineering Using Multiple Sets of tRNA Variants” ACS Synth. Biol, 3, 140–144 (2014).
  5. S. Matsumura, T. Ito, T. Tanaka, H. Furuta, Y. Ikawa: Modulation of group I ribozyme activity by cationic porphyrins, Biology (Basel), 4,in press.
  6. S. Matsumura, Y. Ikawa: Artificial ligase ribozymes isolated by a “design and selection” strategy.Methods in Molecular Biology, 1316, in press.
  7. H. Ohno, E. Osada, H. Saito: Design, Assembly, and Evaluation of RNA-Protein Nanostructures, in RNA Nanotechnology and Therapeutics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology, Vol. 1297) in press.
  8. "E. Osada, Y. Suzuki, K. Hidaka, H. Ohno, H. Sugiyama, M. Endo, H. Saito: Engineering RNA-protein complexes with different shapes for imaging and therapeutic applications , ACS Nano 8, 8130-8140 (2014)."
  9. Fujita Y, Furushima R, Ohno H, Sagawa F & Inoue T, Cell-surface receptor control that depends on the size of a synthetic equilateral-triangular RNA-protein complex. Sci. Rep. 4, 6422, (2014).
  10. D Kiga. Synthetic Biology and Dual Use. Journal of Disaster Research 8, 698-704 (2013).
  11. K Amikura, *D Kiga. “The number of amino acids in a genetic code.” RSC Advances 3, 12512-12517 (2013).
  12. K. Amikura, *D. Kiga: Reassignment of codons from Arg to Ala by multiple tRNAAla variants, Viva Origino, 41, 20-23 (2013).
  13. S. Ohuchi: Identification of RNA aptamers against recombinant proteins with a hexa-histidine tag, Methods in Molecular Biology, in press
  14. T. Thamamongood, Nathaniel Z. L. Lim, Trevor Y.H. Ho, S.o Ayukawa, D. Kiga, King L. Chow: Cultivation of Synthetic Biology with the iGEM Competition, Journal of Advanced Computational Intelligence and Intelligent Informatics, 17, 161-166 (2013).
  15. K. Endo, James A. Stapleton, K. Hayashi, H. Saito, T. Inoue
: Quantitative and simultaneous translational control of distinct mammalian mRNAs, 
Nucleic Acids Research, 1-12 (2013).
  16. R. Harada, N. Tochio, T. Kigawa, Y. Sugita, Feig, M : Reduced native state stability in crowded cellular environment due to protein-protein interactions, J. Am. Chem. Soc, 135, 3696-3701 (2013) .
  17. T. Matsuda, S. Watanabe, T. Kigawa: Cell-free synthesis system suitable for disulfide-containing proteins, Biochem. Biophys. Res. Commun, 431, 296-301 (2013) .
  18. Kei Endo, Karin Hayashi, Tan Inoue, and Hirohide Saito, A versatile cis-acting inverter module for synthetic translational switches Nature Communications, 4:2393, DOI: 10.1038/ncomms3393 (2013).
  19. Hirohisa Ohno, Eriko Osada, Tan Inoue, and Hirohide Saito Synthetic RNA-Protein Nanostructures and Their Potential Applications Review: RNA Nanotechnology and Therapeutics (2013).
  20. S. Ayukawa, Y. Sakai, D. Kiga: Aptazyme-based molecular device that converts a small-molecule input to an RNA output, Chem. Commun, 48, 7556-7558 (2012).
  21. J. A. Stapleton, K. Endo, Y. Fujita, K. Hayashi, M. Takinoue, H. Saito, T. Inoue: Feedback control of protein expression in Mammalian cells by tunable synthetic tanslational inhibition, ACS Synth. Biol, 1, 83-88 (2012).
  22. R. Ohmori, H. Saito, Y. Ikawa, Y. Fujita, T. Inoue:
Self-replication reactions dependent on tertiary interaction motifs in an RNA ligase ribozyme, J. Mol. Evol, 73, 221-229 (2012).
  23. R. Sekine, D. Kiga, M. Yamamura: Design strategy for an initial state-independent diversity generator, Chem-Bio Informatics Journal, 12, 39-49 Dec (2012).
  24. A. Kawahara-Kobayashi, A. Masuda, Y. Araiso, Y. Sakai, A. Kohda, M. Uchiyama, S. Asami, T. Matsuda, R. Ishitani, N. Dohmae, S. Yokoyama, T. Kigawa, O. Nureki, D. Kiga: Simplification of the genetic code: restricted diversity of genetically encoded amino acids, Nucleic Acids Research, 40, 10576-84 (2012).
  25. R. Sekine, M. Yamamura, M. Hagiya, D. Kiga: Tunability of the ratio of cell states after the synthetic diversification by the diversity generator, Communicative & Integrative Biology, 5, 1-2 (2012).
  26. T. Hara, H. Saito, T. Inoue: Directed evolution of a synthetic RNA-protein module to create a new translational switch, Chem. Commun, 49, 3833-3835 (2012).
  27. S. Kashida, T. Inoue, H. Saito: Three-dimensionally designed protein-responsive RNA devices for cell signaling regulation, Nucleic Acids Res, 40, 9369-9378 (2012).
  28. T. Matsuda, S. Furumoto, K. Higuchi, J. Yokoyama, Zhang M. R, K. Yanai, R. Iwata, T. Kigawa: Rapid biochemical synthesis of C-11-labeled single chain variable fragment antibody for immuno-PET by cell-free protein synthesis, Bioorg. Med. Chem, 20, 6579-6582 (2012)
  29. S. Akama, M. Yamamura, T. Kigawa: A Multiphysics Model of In Vitro Transcription Coupling Enzymatic Reaction and Precipitation Formation, Biophys. J, 102, 221-230(2012)
  30. R. Sekine, M. Yamamura, S. Ayukawa, K. Ishimatsu, S. Akama, M. Takinoue, M. Hagiya, D. Kiga: Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington's landscape through autonomous signaling, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 108, 17969-17973 (2011).
  31. J. Yokoyama, T. Matsuda, S. Koshiba, N. Tochio, T. Kigawa: A practical method for cell-free protein synthesis to avoid stable isotope scrambling and dilution, Anal. Biochem, 411, 223-229(2011)
  32. J. Shin, G. Chakraborty, N. Bharatham, C. Kang, N. Tochio, S. Koshiba, T. Kigawa, W. Kim, K-T. Kim, H. S. Yoon: NMR Solution Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Reveals the C-terminal Tail Essential for Its Structural Stability and Autocatalytic Activity, J. Biol. Chem, 286, 22131-22138 (2011)

B01 計画研究 Yannick Rondelez班

  1. A. S. Zadorin, Y. Rondelez, J-C. Galas, A. Estevez-Torres: Synthesis of Programmable Reaction-Diffusion Fronts Using DNA Catalyzers, Phys. Rev. Lett, 114, 068301 (2015).
  2. H. van Roekel, L. Meijer; S. Masroor, G. Zandra, A. Estévez-Torres, Y. Rondelez, A. Zagaris, M. Peletier, P. Hilbers, T. de Greef Automated Design of Programmable Enzyme-Driven DNA Circuits. ACS Synthetic Biology, DOI: 10.1021/sb500300d (2014)
  3. A. Zambrano, A. Zadorin, Y. Rondelez, A. Estévez-Torres, J.-C. Galas, Pursuit-and-evasion Reaction-diffusion Waves In Micro-reactors with Tailored Geometry Journal of Physical Chemistry B 10.1021/jp509474w (2015)
  4. A. Baccouche, K. Montagne, A. Padirac, Y. Rondelez: Dynamic DNA reaction network: a walkthrough, Methods 10.1016/j.ymeth.2014.01.015 (2014).
  5. N. Aubert, T. Fujii, M. Hagiya, Y. Rondelez: Computer Assisted Design for Scaling Up Systems based on DNA Reaction Networks, J. R. Soc. Interface, 11 20131167 (2014).
  6. D. Q. Huy, N. Aubert, N. Noman, T. Fujii, Y. Rondelez, H. Iba: An Effective Method for Evolving Reaction Network in Synthetic Biochemical Systems, IEEE Transaction on Evolutionary Computations, doi 10.1109/TEVC.2014.2326863 (2014).
  7. N. Aubert, Y. Rondelez, T. Fujii, M. Hagiya: Enforcing delays in DNA computing systems, Natural Computing, Vol.13, Issue 4, pp 559-572, 2014
  8. S-H. Kim, X. He, S. Kaneda, J. Kawada, D. Fourmy, H. Noji, and T. Fujii: Quantifying Genetically Inserted Fluorescent Protein in Single iPS Cells to Monitor Nanog Expression Using Electroactive Microchamber Arrays, Lab on a Chip, Vol.14 (2014) pp. 730-736.
  9. K. Hasatani, M. Leocmach, A. J. Genot, A. Estevez-Torres, T. Fujii, Y. Rondelez: High-throughput observation of compartmentalized biochemical oscillators, Chem. Commun, 49 (73), 8090 - 8092 (2013)
  10. A. Padirac, T. Fujii, A. Estévez-Torres, Y. Rondelez: Spatial waves in synthetic biochemical networks, J. Am. Chem. Soc, 135 (39), 14586–14592 (2013).
  11. A. Genot, T. Fujii & Y. Rondelez: Scaling down DNA circuits with competitive neural networks, J. R. Soc. Interface, 10, 20130212 (2013).
  12. A. Genot, T. Fujii & Y. Rondelez: In vitro regulatory models for systems biology, Journal of Biotechnology Advances, http://dx.doi.org/10.1016/ j.biotechadv.2013.04.008 (2013).
  13. N. Aubert, Q. H. Dinh, M. Hagiya, T. Fujii, H. Iba, N. Bredeche, Y. Rondelez: Evolution of Cheating DNA-based Agents Playing the Game of Rock-Paper-Scissors, Advances in Artificial Life, vol. 12, 1143-1150 (2013).
  14. T. Plasson & Y. Rondelez. Synthetic biochemical dynamic circuits, in “Multiscale Analysis and Nonlinear Dynamics: From Molecules to the Brain”, edited by M. Pesenson. (Wiley Series: Reviews of Nonlinear Dynamics and Complexity). ISBN-10: 3527411984 ISBN-13: 978-3-527-41198-6. www.wiley-vch.de/publish/dt/books/bySubjectPH00/ISBN3-527-41198-4
  15. T. Fujii, Y. Rondelez: Predator-prey molecular ecosystems, ACS Nano, 7, 27-34 (2013).
  16. A. Padirac, T. Fujii & Y. Rondelez. Nucleic acids for the rational design of reaction circuits. Curr. Op. Biotech. 24 1-6 (2012)
  17. A. Padirac, T. Fujii, Y. Rondelez: Bottom-up construction of in vitro switchable memories, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 109, E3212–E3220 (2012).
  18. L. Desbois, A. Padirac, S. Kaneda, Y. Rondelez, D. Hober, D. Collard, T. Fujii: A microfluidic device for on-chip agarose microbeads generation with ultralow reagent consumption, Biomicrofluidics, 6, 044101 (2012).
  19. Y. Rondelez: Competition for catalytic resources alters biological networks dynamic, Physical Review Letters, 108, 018102 (2012).
  20. A. Padirac, T. Fujii, Y. Rondelez: Nucleic acids for the rational design of reaction circuits, Curr. Op. Biotech., 24, 1-6 (2012).
  21. A. Genot, T. Fujii, Y. Rondelez: Computing with computation in biochemical networks, Phys. Rev. Let., 109, 208102 (2012).
  22. A. Padirac, T. Fujii, Y. Rondelez: Quencher-free multiplexed monitoring of DNA reaction circuits, Nucleic Acid Research, 1-7 (2012).

B01 計画研究 陶山明班

  1. A. Kan, Y. Sakai, K. Shohda, A. Suyama: A DNA based molecular logic gate capable of a variety of logical operations, Nat. Comput, in press.
  2. M. Yokomori, O. Gotoh, N. Nishida, K. Tokunaga, A. Suyama: Biological information analysis method based on DNA computing, Natural Computing, in press.
  3. A. Kan, K. Shohda, A. Suyama: A DNA-based molecular logic gate capable of a broad class of logical operations, LNCS, 7433, 86–97 (2012).
  4. K. Kurihara, M. Tamura, K. Shohda, T. Toyota, K. Suzuki, T. Sugawara: Self-reproduction of supramolecular giant vesicles combined with the amplification of encapsulated DNA, Nat. Chem, 3, 775-781 (2011).

B01 公募研究 小川敦司班

  1. A. Ogawa: Engineering of Ribosomal Shunt-Modulating Eukaryotic ON Riboswitches by Using a Cell-Free Translation System, Methods Enzymol, 550, 109-128 (2015).
  2. A. Ogawa: Rational Design of Artificial ON-Riboswitches, Methods Mol. Biol, 1111, 165-181 (2014).
  3. Y. Nakahira, A. Ogawa, H. Asano, T. Oyama, Y. Tozawa: Theophylline-dependent Riboswitch as a Novel Genetic Tool for Strict Regulation of Protein Expression in Cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942, Plant Cell Physiol, 54, 1724-1735 (2013).
  4. A. Ogawa: Ligand-Dependent Upregulation of Ribosomal Shunting, ChemBioChem, 14, 1539-1543 (2013).
  5. A. Ogawa, Y. Susaki: Multiple-input and visible-output logic gates using signal-converting DNA machines and gold nanoparticle aggregation, Org. Biomol. Chem, 11, 3272-3276 (2013).

B01 公募研究 車兪澈

  1. Y. Kuruma and T. Ueda (2015) The PURE system for the cell-free synthesis of membrane proteins. Nature Protocols (in press)
  2. P.L. Luisi and Y. Kuruma (2015) Open Questions on the Origin of Life (OQOL)-Introduction to the Special Issue : A workshop in Association with the Origins 2014 Meeting. Orig Life Evol Biosph. Jan 15, Springer.
  3. H. Matsubayashi , Y. Kuruma, and T. Ueda (2015) Cell-Free Synthesis of SecYEG Translocon as the Fundamental Protein Transport Machinery. Orig Life Evol Biosph. Jan 15, Springer.
  4. H. Matsubayashi, Y. Kuruma, and Ueda T. (2014) In vitro synthesis of the E. coli Sec Translocon from DNA. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 53:7535-8. (As Double First)
  5. Yutetsu Kuruma, Hideaki Matsubayashi and Takuya Ueda. (2014) In Vitro Reconstruction of Functional Membrane. ARTIFICIAL LIFE 14, Page 963-964, The MIT Press.
  6. Yoshihiro Shimizu, Yutetsu Kuruma, Takashi Kanamori, Takuya Ueda (2014) Methods in Molecular Biology, The PURE system for protein production, 1118:275-84.
  7. van Nies P, Nourian Z, Kok M, van Wijk R, Moeskops J, Westerlaken I, Poolman JM, Eelkema R, van Esch JH, Kuruma Y, Ueda T, Danelon C. (2013) Unbiased tracking of the progression of mRNA and protein synthesis in bulk and in liposome-confined reactions. ChemBioChem. 14:1963-6.
  8. Yutetsu Kuruma, Hideaki Matsubayashi and Takuya Ueda. (2013) Autonomous construction of synthetic cell membrane. Advances in Artificial Life, ECAL 2013, Page 9-10, The MIT Press.
  9. Hideaki Matsubayashi, Yutetsu Kuruma, Takuya Ueda (2013) In vitro Synthesis of Membrane Protein Machinery toward the Construction of Artificial Cell. Advances in Artificial Life, ECAL 2013, Page 824, The MIT Press.
  10. Pasquale Stano, Tereza Pereira de Souza, Yutetsu Kuruma, Paolo Carrara and Pier Luigi Luisi. (2013) Synthetic Biology Tools and Applications (ELSEVIER Edt. H. Zhao), Chapter 14, page 261-276, “Semi-Synthetic Minimal Cells: Biochemical, Physical, and technological Aspects”.
  11. 車 兪澈 (2012) 「無細胞系からホムンクルスへ」 生物工学会誌・バイオミディア 第50号、p. 510

B01 公募研究 野澤彰班

  1. 野澤彰, 戸澤譲: 膜輸送体タンパク質の完全インビトロ機能解析系, バイオサイエンスとインダストリー, 72, 190-196 (2014).
  2. A. Nozawa, Y. Tozawa: Incorporation of adenine nucleotide transporter, Ant1p, into proteoliposomes facilitates ATP translocation and activation of encapsulated luciferase, Journal of Bioscience and Bioengineering, 118, 130-133 (2014).
  3. A. Nozawa, Y. Tozawa: Modifications of wheat germ cell-free system for functional proteomics of plant membrane proteins, Methods in Molecular Biology, in press.

B01 公募研究 清尾康志班

  1. T. Kanamori, H. Ohzeki, A. Ohkubo, M. Takahashi, K. Tsuda, T. Ito, M. Shirouzu, K. Kuwasako, Y. Muto, K. Seio: Controlling the fluorescence of benzofuran-modified uracil residues in oligonucleotides by triple-helix formation. Chembiochem, 16, 167-176 (2015)

B01 公募研究 西山賢一班

  1. kK. Kumazaki, S. Chiba, M. Takemoto, A. Furukawa, K. Nishiyama, Y. Sugano, T. Mori, N. Dohmae, K. Hirata,Y. Nakada-Nakura, A.D. Maturana, Y. Tanaka, H. Mori, Y. Sugita, F. Arisaka, K. Ito, R. Ishitani, T. Tsukazaki, and O. Nureki : Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC, Nature, 509, 516-520 (2014)
  2. Nishiyama, K. and Shimamoto, K: Glycolipozyme Membrane Protein Integrase (MPIase): Recent Data, Biomol. Concepts, 5, 429–438 (2014)
  3. 島本啓子、西山賢一:タンパク質膜挿入の鍵を握るグライコリポザイム~タンパク質でない酵素?~、実験医学増刊「代謝」、32、115-122 (2014)
  4. 島本啓子、西山賢一:膜タンパク質膜挿入の鍵を握る糖脂質酵素MPIase、生命化学研究レター、44、9-14 (2014)

C01 計画研究 山村雅幸班

  1. Ogawa Y, Ito H, Seno T, Vection is unaffected by circadian rhythm, Psychology, in press (2015)
  2. Yuki Sughiyama, Tetsuya J. Kobayashi, Koji Tsumura and Kazuyuki Aihara、Path-wise Thermodynamic Structure in Population Dynamics, Physical Review E, in press (2015).
  3. Gaudreau P, Hayami K, Aoki Y, Safoui H, and Konagaya A, Improvements to the Cluster Newton method for underdetermined inverse problems. Journal of Computational and Applied Mathematics, doi.org/10.1016/j.cam.2015.01.014, 283 122-141, (2015).
  4. Mochizuki A, and Fiedler B, Sensitivity of chemical reaction networks: a structural approach. 1. Examples and the carbon metabolic network, J. Theor. Biol. 367, 189-202 (2015).
  5. Kawasaki Y, Ito H*, Kajimura H, Equilibrium frequency of endosymbionts in multiple infections based on the balance between vertical transmission and cytoplasmic incompatibility, PLoS ONE, 9, e94900 (2014)
  6. 青木康憲, 速水 謙, 小長谷明彦, 劣決定逆問題に対するCluster Newton法とその薬物動態モデルへの応用, 応用数理, 24(4) 7-15, (2014).
  7. Moriya T, Yamamura M. Kiga D, Effects of downstream genes on synthetic genetic circuits, BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S4, doi:10.1186/1752-0509-8-S4-S4 (2014).
  8. Ishimatsu K, Hata T, Mochizuki A, Sekine R, Yamamura M, Kiga D, General applicability of synthetic gene-overexpression for cell-type ratio control via reprogramming, ACS synthetic biology 3:9, pg 638-44 (2014).
  9. Fiedler B, Mochizuki A, Kurosawa G. and Saito D, Dynamics and control at feedback vertex sets. I: Informative and determining nodes in regulatory networks, J. Dyn. Differ. Eqns. 25, 563-604 (2013).
  10. Mochizuki A, Fiedler B, Kurosawa G. and Saito D, Dynamics and control at feedback vertex sets. II: A faithful monitor to determine the diversity of molecular activities in regulatory networks, J. Theor. Biol. 335, 130-146 (2013).
  11. Yasunobu Mano, Tetsuya J. Kobayashi, Jun-ichi Nakayama, Hiroyuki Uchida, Masaya Oki, Single Cell Visualization of Yeast Gene Expression Shows Correlation of Epigenetic Switching Between Multiple Heterochromatic Regions Through Multiple Generations, Plos Biology, Vol.11(7),e1001601 (2013).
  12. Y. Suzuki: Harness the Nature for Computation, Natural Computing and Beyond, 49-70 (2013).
  13. R. Seine, M. Yamamura: Design and Conrol of Synthetic Biological Systems, Suzuki and Nakagaki eds, Natural Computing and Beyond, 104-114 (2013).
  14. 林孝文, 山村雅幸: 周波数特性を用いた振動する人工遺伝子回路の自動設計, 計測自動制御学会第40回知能システムシンポジウム資料集, 211-216 (2013).
  15. Y. Sano, K. Yamada, H. Watanabe, H. Takayasu, M. Takayasu: Empirical analysis of collective human behavior for extraordinary events in the blogosphere, Physical Review E, 87, 012805 (2013).
  16. R. Sekine, D. Kiga, M. Yamamura: Design strategy for an initial state-independent diversity generator, Chem-Bio Informatics Journal, 12, 39-49 (2012).
  17. T. Nakamura, D. Saito, A. Kawasumi, K. Shinohara, Y. Asai, K. Takaoka, F. Dong, A. Takamatsu, J. A. Belo, A. Mochizuki, H. Hamada: Fluid flow and interlinked feedback loops establish left-right asymmetric decay of cerl2 mRNA in the mouse embryo, Nat. Commun, 3, 1322 (2012).
  18. 濱田直希, 永田裕一, 小林重信, 小野功: 被覆度を考慮したマルチスタート法による多目的連続関数最適化, Adaptive Weighted Aggregation, 進化計算学会論文誌, 3, 31-46 (2012).
  19. W. Miura, H. Takayasu, M. Takayasu: Effect of coagulation of nodes in an evolving complex network, Phys. Rev. Lett, 108, 168701 (2012).
  20. R. Sekine, M. Yamamura, M. Hagiya, D. Kiga: Tunability of the ratio of cell states after the synthetic diversification by the diversity generator, Communicative and Integrative Biology, 5, 393-394 (2012).
  21. Tetsuya J. Kobayashi: Connection between noise-induced symmetry breaking and an information-decoding function for intracellular networks, Physical Review Letters, 106 (2011).
  22. Tetsuya J.Kobayashi, A. Kamimura: Theoretical aspect of cellular decision-making and information processing, Advances in Experimental Medicine and Biology, 736, 275-291 (2012).
  23. A. Komori, Y. Maki, M. Nakatsui, I. Ono, O. Okamoto: Efficient Numerical Optimization Algorithm Based on New Real-Coded Genetic Algorithm, AREX + JGG, and Application to the Inverse Problem in Systems Biology, Applied Mathematics, 3, 1463-1470 (2012).
  24. Y. Suzuki: Behaviors of Chemical Reactions with Small Number of Molecules Lecture Notes in Computer Science, 5777, 394-401 (2011).

C01 計画研究 伊庭斉志班

  1. Noman N, Monjo T, Moscato P, Iba H.: Evolving Robust Gene Regulatory Networks, PLoS One. 2015 Jan 23;10(1):e0116258. doi 10.1371/journal.pone.0116258. eCollection (2015).
  2. Dinh H, Aubert N, Noman N, Fujii T, Rondelez Y, Iba H : An Effective Method for Evolving Reaction Networks in Synthetic Biochemical Systems, IEEE Transactions on Evolutionary Computation, DOI:10.1109/TEVC.2014.2326863 (2015).
  3. "Q.H.Dinh, N.Noman, H.Iba:Oscillatory synthetic biological system construction using interactive evolutionary computations, Journal of Computer Science 10 (12),2640-2652 (2014)."
  4. L. Palafox, N. Noman, H. Iba: Reverse Engineering of Gene Regulatory Networks using Dissipative Particle Swarm Optimization, IEEE Trans. Evol. Comput, 17, 577-587 (2013).
  5. N. Noman, L. Palafox, H. Iba: Evolving Genetic Networks for Synthetic Biology, New Generation Computing, 31, 71-88 (2013).
  6. M. Hagiya, T. Kawamata: Towards Co-evolution of Information, Life and Artificial Life, Natural Computing and Beyond, Proceedings in Information and Communications Technology, 6, 39-48 (2013).
  7. N. Noman, L. Palafox, H. Iba: On model selection criteria in reverse engineering gene networks using RNN model, Convergence and Hybrid Information Technology, LNCS, 7425, 155-164 (2012).
  8. L. Palafox, N. Noman, H. Iba: Study on the use of evolutionary techniques for inference in gene regulatory networks, Natural Computing and Beyond, Suzuki, Y. and Nakagaki,T. (Eds.), 6, 82-92 (2012).
  9. N. Noman, L. Palafox, H. Iba: Reconstruction of Gene Regulatory Networks from Gene Expression Data Using Decoupled Recurrent Neural Network Model, Natural Computing and Beyond, Suzuki, Y. and Nakagaki, T. (Eds.), 93-103 (2012).
  10. I. Kawamata, N. Aubert, M. Hamano, M. Hagiya: Abstraction of Graph-Based Models of Bio-Molecular Reaction Systems for Efficient Simulation, Computational Methods in Systems Biology, 10th International Conference, CMSB 2012, Lecture Notes in Bioinformatics, 7605, 187-206 (2012).
  11. R. Sekine, M. Yamamura, S. Ayukawa, K. Ishimatsu, S. Akama, M. Takinoue, M. Hagiya, D. Kiga: Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington's landscape through autonomous signaling, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 108, 17969-17973 (2011).
  12. H. Iba, N. Noman: New Frontiers in Evolutionary Algorithms: Theory and Applications (2011).
  13. S. Liu, H. Iba: A Study on Computational Efficiency and Plasticity in Baldwinian Learning, Journal of Advanced Computational Intelligence and Intelligent Informatics, 15, 1300-1309 (2011).
  14. M. Kabir, N. Noman, H. Iba: Reverse engineering gene regulatory network from microarray data using liner time-variant model, BMC Bioinformatics, 11, S56 (2010).

C01 公募研究 荒木通啓班

  1. KY. Hara, K. Morita, M. Mochizuki, K. Yamamoto, C. Ogino, M. Araki, A. Kondo: Development of a multi-gene expression system in Xanthophyllomyces dendrorhous, Microbial Cell Factories, in press.
  2. KY. Hara, M. Araki, N. Okai, S. Wakai, T. Hasunuma, A. Kondo: Development of bio-based fine chemical production through synthetic bioengineering, Microbial Cell Factories, in press.
  3. *M. Araki, RS. Cox III, H. Makiguchi, T. Ogawa, T. Taniguchi, K. Miyaoku, M. Nakatsui, KY. Hara, A. Kondo: M-path: A Compass for Navigating Potential Metabolic Pathways, Bioinformatics, in press.
  4. KY. Hara, K. Morita, Y. Endo, M. Mochizuki, Araki, A. Kondo: Evaluation and screening of efficient promoters to improve astaxanthin production in Xanthophyllomyces dendrorhous, Appl. Microbiol. Biotechnol, 98: 6787-6793 (2014).
  5. 荒木通啓「データベースからの再発見」生物工学会誌(バイオミディア) Vol.92, 6 (2014)
  6. M. Nakatsui, *M. Araki, *A. Kondo: An Approach for Dynamical Network Reconstruction of Simple Network Motifs, BMC Systems Biology, 7(Suppl 6), S4 (2013).

C01 公募研究 塩尻信義

  1. T. Ueno, A. Ishihara, S. Yagi, T. Koike, K. Yamauchi, N. Shiojiri: Histochemical analyses on biliary development during metamorphosis of Xenopus laevis tadpoles. Zool. Sci, 32, 88-96 (2015).
  2. 塩尻信義: 胆管発生. 肝胆膵, 70(3), 385-393 (2015).
  3. Y. Sugiyama, Y. Takabe, S. Yagi, T. Koike, N. Shiojiri: Immunomagnetic exclusion of PECAM-1-positive endothelial cells in fetal mouse liver cell cultures causes impaired growth and gene expression of hepatoblasts and stellate cells. Biomed. Res, 35, 271-283 (2014).

C01 公募研究 内田誠一

  1. 内田誠一:バイオイメージインフォマティクスと画像情報学,電子情報通信学会誌 (in press)
  2. 内田誠一:数理最適化とバイオイメージ・インフォマティクス,MEDICAL IMAGING TECHNOLOGY (in press)
  3. 松田修, 末次憲之, 内田誠一, 和田正三, 射場厚:近接ハイパースペクトルイメージングに基づく植物遺伝学研究の新展開,日本生態学会誌, 64, 205-213 (2014)
  4. 内田誠一:画像データの基礎知識~画像の種類と見せ方,バイオ画像解析 手とり足とりガイド(小林 徹也, 青木 一洋 編),羊土社 (2014)
  5. 内田誠一:トラッキングの基礎とその周辺,バイオ画像解析 手とり足とりガイド(小林 徹也, 青木 一洋 編),羊土社 (2014)
  6. K. Chiba, M. Araseki, K. Nozawa, K. Furukori, Y. Araki, T. Matsushima, T. Nakaya, S. Hata, Y. Saito, S. Uchida, Y. Okada, A. C. Nairn, R. J. Davis, T. Yamamoto, M. Kinjo, H. Taru, T. Suzuki: Quantitative Analysis of APP Axonal Transport in Neurons - Role of JIP1 in Enhanced APP Anterograde Transport -, Molecular Biology of the Cell, 25(22),3569-3580 (2014)

C01 公募研究 應蓓文班

  1. Y Murakami, Y Matsumoto, S Tsuru, BW Ying, T Yomo: Global coordination in adaptation to gene rewiring. Nucleic Acids Res, 43,1304-1316 (2015).
  2. Y Ishizawa, BW Ying, S Tsuru, T Yomo: Nutrient-dependent growth defects and mutability of mutators in Escherichia coli. Genes Cells, 20, 68-76 (2015).
  3. M Yoshida, S Tsuru, N Hirata, S Seno, H Matsuda, BW Ying, T Yomo: Directed evolution of cell size in Escherichia coli. BMC Evol Biol, 14, 257 (2014).
  4. A Shibai, S Tsuru, BW Ying, D Motooka, K Gotoh, S Nakamura, T Yomo: Mutation accumulation in bacteria exposed to UV radiation. Artificial Life, 14, 757-758 (2014).
  5. Y Akeno, BW Ying, S Tsuru, T Yomo:A reduced genome decreases the host carrying capacity for foreign DNA. Microbiol Cell Factories, 13, 49 (2014).
  6. BW Ying, S Tsuru, S Seno, H Matsuda, T Yomo: Gene expression scaled by distance to the genome replication site. Mol Biosyst, 10, 375-379 (2014).

その他

A01 計画研究 田川陽一班

  1. 特許第5686310号 特許権者:株式会社島津製作所、国立大学法人東京工業大学、発明者:藤山陽一、田川陽一:「細胞培養デバイス、細胞培養システム、及び細胞培養方法」 出願番号:特願2010-118960 (日本)、出願日:平成22年5月25日、登録日:平成27年1月30日
  2. 特許第5700460号 特許権者:株式会社島津製作所、国立大学法人東京工業大学、発明者:藤山陽一、田川陽一:「細胞培養デバイス、細胞培養システム、及び細胞培養方法」 出願番号:特願2012-532811 (日本)、出願日:平成22年9月10日、登録日:平成27年2月27日
  3. 名称:肝炎組織体、肝炎ウイルスの感染方法、肝炎組織体の製造方法、肝炎ウイルスの増殖方法、肝炎ワンクチンの製造方法、スクリーニング方法、およびキット発明者:田川 陽一、玉井 美保、アン ソンホ、鈴木 哲朗、伊藤 昌彦、中島 謙治 権利者:東工大、浜松医科大 種類:特許 番号:特願2014-52754 出願年月日:2014年03月14日 国内外の別: 国内

A01 公募研究 宮崎健太郎班

  1. 宮崎健太郎, 佃美雪「翻訳特性の改変された大腸菌」特願2012-102128 (2012. 4. 27出願)
  2. 宮崎健太郎 プレス発表「Mutational robustness of 16S ribosomal RNA, shown by experimental horizontal gene transfer in Escherichia coli」
    http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2012/pr20121030/pr20121030.html

B01 計画研究 木賀大介班

  1. "進化分子工学の研究進む" (日経産業新聞, 2012. 10. 12)
  2. "太古の遺伝暗号表を実験で再現" (ニュートン, 2012. 9. 26発売号)
  3. "少ないアミノ酸でタンパク質合成" (読売新聞, 2012. 9. 7)
  4. "東工大が人工核酸開発" (日経産業新聞, 2012. 9. 6)
  5. "地球外生命はいるか" (日経新聞, 2012. 7. 29)
  6. "人工生命で解く細胞分化" (読売新聞, 2011. 12. 11)
  7. "発生やiPS化を表す”地形”細胞内にプログラミング" (科学新聞, 2011. 11. 4)
  8. "細胞分化 人工遺伝子で変化制御" (日刊工業新聞, 2011. 11. 2)
  9. "マンモス復活大作戦" (読売新聞, 2011. 4. 7)

B01 計画研究 Yannick Rondelez班

  1. Viewpoint Highlight: Making Waves with DNA Irving R. Epstein, Physics 8, 12 (2015).
  2. Engineering and Technology Magazine:
    http://eandt.theiet.org/news/2014/jan/bio-computing-cad.cfm
  3. CNRS INSIS highlight:http://www.cnrs.fr/insis/recherche/actualites/2013/predateurs.htm
  4. CNRS INC higlight:http://www.cnrs.fr/inc/communication/direct_labos/torres.htm
  5. The Economist: “Computing with soup”http://www.economist.com/node/21548488
  6. La Recherche: “Un système artificiel imite la dynamique des écosystèmes” (nov 2013)
  7. ChemistryWorld: “Hunter becomes the hunted in DNA ecosystem”
    http://www.rsc.org/chemistryworld/2013/01/predator-prey-dna-computer-simulation

B01 公募研究 車兪澈

  1. ”開発進む人工細胞ー有用物質量産応用へ”(産業経済新聞, 2014. 8. 29)
  2. "東工大、人工細胞に必要な膜タンパク質の作製に成功" (財経新聞, 2014. 6. 27)
  3. "多機能な人工細胞の実現に期待 - 東工大、機能性細胞膜の合成に成功"(マイナビニュース, 2014. 6. 27)
  4. "東工大など、細胞膜上のたんぱく質分子を試験管内で構築に成功-人工細胞に道" (日刊工業新聞, 2014. 6. 23)
  5. 2014年、Origins of Life and Evolution of Biospheres “Special Issue for the meeting of OQOL2014” において、P.L. Luisi、A. W. SchwartzとともにEditorとして参加
  6. 2014年、Artificial Life 2014 (New York, USA)にて、WorkShop “What can Synthetic Biology offer to (Embodied) Artificial Intelligence?”をDr. Pasquale Stano (University of RomaTre)、Dr. Luisa Damiano (University of Bergamo)と共に開催した
  7. 2014年、Artificial Life 2014 (New York, USA)にて、Program Committeeとして参加
  8. 2014年、Open Question of Origin of Life 2014 (Nara, Japan)にてOrganizing Committeeとして参加
  9. 2013年、12th European Conference on Artificial Life (Taormina, Italy)にて、WorkShop” What Synthetic Biology can offer to Artificial Intelligence? Perspectives in the Bio-Chem-ICT and other scenarios” をDr. Pasquale Stano (University of RomaTre)、Dr. Luisa Damiano (University of Bergamo)と共にオーガナイズした
  10. 2013年、12th European Conference on Artificial Life (Taormina, Italy)にてProgram Committeeとして参加した。
動的・多要素な生体分子ネットワークを理解するための合成生物学の基盤構築(合成生物学)